tag:blogger.com,1999:blog-5278057930282936941.post4669200416192005759..comments2023-03-06T11:01:31.996+01:00Comments on Selective Sweep: Protein-Polymorphismus und die neutrale Theoriederelehttp://www.blogger.com/profile/11323663929104818114noreply@blogger.comBlogger6125tag:blogger.com,1999:blog-5278057930282936941.post-84356210952657070132009-01-26T22:02:00.000+01:002009-01-26T22:02:00.000+01:00Ich hatte einen kleinen Fehler in meinem Post:Nei ...Ich hatte einen kleinen Fehler in meinem Post:<BR/><BR/><BR/>Nei und Graur benutzten Daten von 341 Spezies aus 77 Studien. Ich hatte nur die 77 Studien erwähnt... und einmal sogar fälschlich 77 Arten geschrieben...derelehttps://www.blogger.com/profile/11323663929104818114noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-5278057930282936941.post-22454768004885223002009-01-26T21:53:00.000+01:002009-01-26T21:53:00.000+01:00Theorien, die die Geschwindigkeit einer Fixierung ...Theorien, die die Geschwindigkeit einer Fixierung unter positiver Selektion voraussagen sind mathematisch sehr kompliziert.<BR/><BR/>Ich hab gerade eine Tabelle gefunden, die sagt:<BR/><BR/>In einer haploiden Population dauert es ca. 9000 Generationen von einer Frequenz von 0.01 bis zu einer von 0.99 bei einem Selektionskoeffizienten von s= 0.001. Gleiches gilt für Diploide, wenn die Mutation keine Dominanz hat (die Zeit einfach mal zwei). <BR/><BR/><BR/>Bei diploiden mit einer Mutation mit Dominanz wirds schwieriger:<BR/><BR/>Dominante Mutationen nehmen erst schnell in der Frequenz zu, dann aber sehr sehr langsam je höher die Frequenz wird.<BR/><BR/>Genau umgekehrt rezessive. Erst sehr sehr langsam, dann schneller.<BR/><BR/>Von 0.01 bis 0.99 (bei s=0.001) dauert es dann in beiden Fällen ca. 107000 Generationen. Das würde ich nur "relativ" schnell nennen.<BR/><BR/>Unter einer Frequenz von 0.01 und über 0.99 wird's wahrscheinlich noch komplizierter...wahrscheinlich kommt es da dann auch wieder auf N und stochastische Effekte an.<BR/><BR/>Ich hoff ich kann das Thema mal in nen Post packen, ist spannend...derelehttps://www.blogger.com/profile/11323663929104818114noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-5278057930282936941.post-77394383676854126922009-01-26T00:02:00.000+01:002009-01-26T00:02:00.000+01:00Interessanter Post! Ich muss mich darauf achten, k...Interessanter Post! Ich muss mich darauf achten, keinen Beitrag der Serie zu verpassen, in letzter Zeit vernachlässige ich meine Blogroll ein wenig...<BR/>Eine Frage aber, nur halb zum Thema (dazu noch: ich hatte nur sehr grundlegende Vorlesungen in Populationsgenetik):<BR/>Die Theorien sagen eine <I>schnelle</I> Fixierung von positiven Mutationen voraus? Das ist etwas, was ich mir intuitiv überhaupt nicht vorstellen kann, wie eine nur leicht vorteilhafte Mutation in kurzer Zeit die andere vollständig verdrängen könnte...dvizardhttps://www.blogger.com/profile/10766905875778242208noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-5278057930282936941.post-89917238597694333692009-01-20T22:02:00.000+01:002009-01-20T22:02:00.000+01:00@Argent23:Ich werd's versuchen.Ich hab gestern auc...@Argent23:<BR/><BR/>Ich werd's versuchen.<BR/><BR/>Ich hab gestern auch gesehen, dass Michael White auf Adaptive Complexity meinen Blog erwähnt hat...<BR/>das meinst du doch, oder?<BR/><BR/>@Ingo: <BR/><BR/>Ich denke aus mehreren Gründen kann der von dir vorgeschlagene Variabilität erzeugende Gruppenselektions-mechanismus nicht funktionieren:<BR/><BR/>Variabilität entsteht in einem Gleichgewichtszustand, dieser wird durch Demographie, Selektion (auf Individuenebene), Migration und Mutation beeinflusst. <BR/><BR/>Kleinere Populationen sind zwar auch weniger variabel, sie sterben aber einfach dadurch schneller aus, dass sie kleiner sind. <BR/>Würde die in deinem Kommentar dargestellte Gruppenselektion eine Rolle spielen durfte es nur noch große Populationen geben, schließlich hätten sie einen Vorteil gegenüber kleinen. <BR/>Wie würde die Selektion Populationen grösser machen? Indem sie die Individuen kleiner und die Generationszeiten kürzer macht. <BR/>Das Gegenteil ist entlang der meisten Linien der Fall: "Phylogenetic size increase", häufig bis zum Aussterben (möglicherweise durch die dadurch kleiner werdende Populationsgröße- ich meine das ist eine Gould-Hypothese).<BR/><BR/>Mutatorgene, die die Mutationsrate und damit die Variabilität auf Populationsebene erhöhen würden werden auf der Ebene des Individuums (oder Gens, wie du willst) zu sehr negativ selektiert, als dass sie in der Population bleiben könnten um dann diese als Gruppe anderen Gruppen gegenüber überlegen zu machen. <BR/><BR/>Und das denke ich der entscheidende Schwachpunkt deiner Hypothese: Variabilität als solches hat keine genetische Grundlage, sie ist eher ein übergelagertes Prinzip, der vorgeschlagene Mechanismus daher "naive" Gruppenselektion.. <BR/>---<BR/><BR/>Motoo Kimura hat seine Theorie tatsächlich primär entwickelt um Variabilität in hoch konservierten Proteinen zu erklären. <BR/><BR/>Nicht kodierende DNA und Variabilität in dieser war damals meines Wissens noch nicht bekannt, oder spielte zumindest in diesem Forschungsfeld keine Rolle.<BR/><BR/>Heute weis man, dass ~95% des menschlichen Genoms unter Selektionsdruck stehen. Mutationen werden zum überwiegenden Teil negativ selektiert.<BR/>Warum? Darüber wird viel spekuliert...<BR/>...auch ernsthaft, nicht nur auf unterstem "Junk erklärt Komplexität Niveau".derelehttps://www.blogger.com/profile/11323663929104818114noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-5278057930282936941.post-65541302123063399042009-01-20T19:20:00.000+01:002009-01-20T19:20:00.000+01:00Wie ist das: Wenn ich hier die Argumentation auf g...Wie ist das: Wenn ich hier die Argumentation auf gruppenselektionistischer Basis mit in Rechnung stelle, könnte ich sagen: Populationen mit größerer genetischer Vielfalt können sich leichter an veränderte Selektionsdrücke anpassen als Populationen mit geringerer genetischer Vielfalt.<BR/><BR/>Darum sind Populationen mit zu geringer genetischer Vielfalt im Verlauf der Evolution häufiger ausgestorben als Populationen mit größerer genetischer Vielfalt.<BR/><BR/>Deshalb finden wir heute zumeist größere genetische Vielfalt vor. Vielleicht sogar je nach den langfrisitigeren Überlebensbedignungen von Populationen in unterschiedlicher Stärke.<BR/><BR/>---<BR/><BR/>Aber noch mal eine grundsätzlichere Frage: Es GIBT ja definitiv auch selektionsneutrale Mutationen im menschlichen Genom, soweit wir das bis heute vermuten können, oder etwa nicht? Waren nicht der Ausgangspunkt von Motoo Kimura eben diese selektionsneutralen Nonsense-Mutationen im Genom, also außerhalb der die Funktionsbereiche von Proteinen kodierenden Genomabschnitte und (wie wir heute wissen) außerhalb der die Ablesung von Genen steuernden Genomabschnitte.<BR/><BR/>Das sind doch die eigentlich "neutralen" Mutationen. Das muß man sich doch erst mal klarmachen, damit man überhaupt den Ansatzpunkt von Motoo Kimura versteht. Oder?Ingo Badinghttps://www.blogger.com/profile/03090794366290908769noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-5278057930282936941.post-70933532890859209332009-01-20T17:08:00.000+01:002009-01-20T17:08:00.000+01:00Wow, genialer Post! Für mich der spannendste in de...Wow, genialer Post! Für mich der spannendste in der Serie bisher - mal sehen ob du das Niveau halten kannst ;-)<BR/><BR/>Und wie ich gesehen hab ziehst du mittlerweile schon internationales Publikum an!Argent23https://www.blogger.com/profile/09403043585047351035noreply@blogger.com