Change of language, change of content

From now on this blog is about my adventures in bioinformatics and in the use of open source software:
The code is bash, perl, R -especially sweave/noweb-, LaTeX and my lovely, beastly OS editor`s (Gnu-Emacs) elisp.

I will publish code snippets and short comments in English language. You con read about the same and my other more biology focussed interests in German on Alles was lebt.

Montag, 25. August 2008

Show-off (international version) Update

Hier ist die endgültige Version meines Vortrags. Um 4 heute Nachmittag werd ich präsentieren!


Sonntag, 17. August 2008

Lesetip

Auf der hier in Edinburgh gerade stattfindenden Buchmesse habe ich gestern eine sehr interessant Buchserie für mich entdeckt:

Oxford University Press: Very short introductions

Die Bücher umfassen 100-150 Seiten im Hosentaschenformat. Ursprünglich wollte ich mir nur mal zu Gemüte führen wie mein "ober Chef" und seine Frau sich eine Einführung in die Evolutionstheorie vorstellen, heute habe ich mir dann aber überzeugt von dem Konzept noch einige weitere der Bücher gekauft. Von "Mathematics" bin ich nach den ersten 25 Seiten auch überzeugt, Molecules hab ich halb durch und finds gut.

Die anderen drei kann ich noch nicht beurteilen, aber vielversprechend...

The Sunday Nematode

Da die Verbesserung meines Vortrag in den nächsten Tagen Vorrang hat wird der Nematode der der Woche diesmal etwas weniger ausführlich:

Aufmerksam wurde ich auf den Sonntags-Wurm durch diesen Artikel, der ein geographisches und taxonomisches Ungleichgewicht in der Untersuchung eingeschleppter Spezies aufzeigt. Es gibt neben meinem Liebling Anguillicola crassus einen zweiten (nur!) Nematoden der als Alien gesteigerte Aufmerksamkeit der Wissenschaft auf sich gezogen hat:

Bursaphelenchus xylophilus

Dieser Pflanzen- Parasit ist dabei einer der wenigen Invasoren in Asien, der genauer studiert wird. Verschleppt wurde der unscheinbare Nematode nämlich aus den Kiefernwäldern Nord-Amerikas in jene Japans. Mit verheerenden Folgen:
Eine befallene Kiefer (
Japanische Rot-Kiefer (P. densiflora) und Japanische Schwarz-Kiefer (P. thunbergii)) stirbt innerhalb weniger Wochen oder Monate komplett ab.

Für ihre Verbreitung nutzen die Holzwürmer (hier passt der Name wirklich!) Käfer der Gattung Monochamus als Verktor"-Komplizen".
Im Holz eines stark beschädigten Baumes "riechen" die Nematoden Larven (L3) wo eine Käfer-Larve gerade am absterbenden Baum nagt (die Käfer Larven fressen nur abgestorbenes Holz). Die Larven suchen aktiv ihren Komplizen und dringen wenn dieser sich verpuppt in dessen Trachäen ein. Dort bilden sie Dauer-Larven, eine häufig bei Nematoden beobachtete Taktik um besipielsweise nahrungsarme Perioden zu überstehen. Der adulte Käfer schlüpft aus der Puppe und fliegt an einen neuen, noch gesunden Baum, dessen junge Zweige er (anders als seine Larve) von außen annagt. Dieser wieddreum etwas anderen Duft veranlasst die wartenden Larven dazu den Käfer über die Atemöfnungen zu verlassen und über die Fraßwunden in den noch gesunden Baum einzudringen.
Die Auswirkngen des Nematoden auf ganze Wälder können verheerend sein, da er diesen komplexen Lebenmszyklus nicht zwangsläufig durchlaufen muss. Solange der parasitierte Baum noch lebt kann er sich auch direkt weiterentwickeln besitzt eine sehr kurze Generationszeit und kann sich so massenhaft vermehren.

Ein Review in dem auch die wirtschaftlichen Folgen beschrieben werden findet man hier, vorausgesetzt man hat Zugriff...

Nachtrag:
Die Bezeichnung "entomophil" aus dem letzen Nematoden der Woche Post war wohl etwas veraltet: "Entomopathogener Neamtode" sollte das eigentlich heißen, dazu gibts dann auch nen schönen Wikipedia-Artikel.

Montag, 11. August 2008

Show-off (international version)

Für den wöchentlichen Nematoden wirds diese Woche wieder eng... Aus Zeitmangel nur ein kleine persönliche Mitteilung: Ich werde in Paris das zehnte Europäische Mulikolloquium der Parasitologie (EMOPX) besuchen und dort auch vortragen. Hier also mein abstract:

Divergence between East Asian and European populations of the swimbladder-nematode Anguillicola crassus

Heitlinger, E. 1, Weclawski, U.1, Taraschewski H.1, Münderle, M.1, Klar, B. 2, Han, Y., S.3,, Blaxter, M.4

1University of Karlsruhe, Zooligical Instiute I, Department of Ecology and Parasitology, Kornblumenstr. 13, 76131 Karlsruhe, Germany

2University of Karlsruhe, Institut für Mathematische Stochastik, 76128 Karlsruhe, Germany

3Institute of Fisheries Science, National Taiwan University, Taipei, Taiwan 106

4Institute of Evolutionary Biology, University of Edinburgh, Edinburgh, United Kingdom


Anguillicola crassus is an eel-specific swimbladder nematode naturally parasitizing Anguilla japonica in East Asia. From the early 1980s it has colonized not only almost all populations of the European eel Anguilla anguilla throughout the range of this novel host, but also the American eel A. rostrata in the 1990s. Since invasions coincided with a host switch it was interesting to determine how individuals from colonized areas and hosts differed in their morphology and virulence from those belonging to the East Asian source. We compared worms from several locations in Europe to conspecifics from Taiwan. Worms deriving from European eels were significantly larger and had a higher body mass than those from Japanese eels. The dimensions of the oesophagus and the buccal capsule were significantly different, suggesting divergence of these features between European and Asian population. Further we carried out cross infection experiments to elucidate the degree of divergence in the two nematode populations when harboured in the same host. These experiments suggest a generally decreased virulence of the European population compared to the Asian population as well as differentiation of live history traits. Further studies using new high throughput sequencing technology and multiple cycles of cross infection should reveal whether the these differences are due to modifications or whether they reflect the rapid evolution of A. crassus in its European range.


Ich bin der einzige aus den beiden Gruppen in Edinburgh und Karlsruhe, der die Tagung besucht. Als ich das Abstract geschrieben hab, hatte ich eigentlich das Ziel einen Vortrag zu halten (Vortrag oder Poster wurde von einem Kommittee entschieden), deshalb habe ich den Text sehr in Richtung Ergebnisse ausgelegt, nicht zu sehr auf mein frisch begonnenes Project, von dem ich leider noch keine Ergebnisse zeigen kann...
Nun habe ich einige Problemchen: (a)Die Ergebnisse im "Morphological divergence" Teil wurden in Karlsruhe erzielt bevor ich dort mitgearbeitet habe. Ich bin zwar mit den Daten vertraut, kann das ganze aber unmöglich als meine Arbeit verkaufen. (b)An den Kreuzinfektionen für den Virulenz-Teil arbeite ich mit, sie sind aber Hauptbestandteil einer anderen Dissertation. (c) Mein gerade begonnenes Projekt ist viel spannender! (d) Der Vortrag darf nur zehn Minuten dauern.

Mir muss also irgendwie innerhalb dieser Zeit der Spagat gelingen die im Abstract versprochenen Ergebnisse zu präsentieren, aber auch viel Gewicht auf die Vorstellung meines Dissertations-Projekts zu legen.

Hier ist meine Präsentation:



Problem: Zu viele Folien, da müssen noch 2 Folien raus um in der Zeit bleiben zu können...
Für Vorschläge bin ich dankbar!