My abstract for the VW Symposium:
Anguillicola crassus is an eel-specific swimbladder nematode, which parasitizes the Japanese eel Anguilla japonica, found throughout East Asia. This species has also colonized a number of novel hosts: since the early 1980s it has spread throughout almost all populations of the European eel Anguilla anguilla, and also the American eel A. rostrata, since the 1990s. Morphological divergence of the European vs. Asian populations of A. crassus has been documented in field studies. Cross infection experiments, comparing the degree of divergence between the two nematode populations harbored in the same host species, suggest a generally decreased virulence of the European population in comparison to the Asian population, as well as differentiation of live history traits. We are currently employing new high throughput sequencing technology and analysis of gene expression data to identify the potential underlying genes for these differences, with the aim to elucidate whether divergence is driven by evolution of gene expression or coding sequence. We are also testing the "adaptationist" hypothesis that the identified genes may be involved in host-parasite interaction. Finally we will test whether these candidate genes also play a role in divergence in introduced populations of A. crassus in American eels.
Change of language, change of content
From now on this blog is about my adventures in bioinformatics and in the use of open source software:
The code is bash, perl, R -especially sweave/noweb-, LaTeX and my lovely, beastlyOS editor`s (Gnu-Emacs) elisp.
I will publish code snippets and short comments in English language. You con read about the same and my other more biology focussed interests in German on Alles was lebt.
The code is bash, perl, R -especially sweave/noweb-, LaTeX and my lovely, beastly
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Mittwoch, 29. Oktober 2008
Freitag, 5. September 2008
A moveable feast
Montag, 25. August 2008
Show-off (international version) Update
Hier ist die endgültige Version meines Vortrags. Um 4 heute Nachmittag werd ich präsentieren!
Freitag, 4. Juli 2008
I created a monster
Eigentlich wollte ich ja den Vortrag, den ich gestern in unserem Doktorandenseminar über mein Projekt gehalten hab filmen und das Video auf den Blog stellen. Leider hab ich mich dann nicht getraut vor den etwa 40 Zuhörern mein Handy zum Filmen in Position zu bringen...
Deshalb versuche ich die Präsentation einzubinden, ich hoffe das klappt...
Die Folie, die die Interpretation der Ergebnisse der SAGE erklärt enthält ne Animation, die Schrift liegt jetzt leider einfach übereinander.
Quiz: Wie sind die unterschiedlichen (idealisierten) Expressionsmuster interpretierbar?
Ich bereite gerade einen längeren Grundlagen-Post über (ultra-)Darwinismus/ Adaptionismus vor. Bislang existiert dieser Post zwar nur meinem Kopf, ich hoffe aber in diesem anhand meines Projekts die Grundzüge der Diskussion darstellen zu können. Dadurch sollte dann auch mein Projekt klarer werden...
Deshalb versuche ich die Präsentation einzubinden, ich hoffe das klappt...
Die Folie, die die Interpretation der Ergebnisse der SAGE erklärt enthält ne Animation, die Schrift liegt jetzt leider einfach übereinander.
Quiz: Wie sind die unterschiedlichen (idealisierten) Expressionsmuster interpretierbar?
Ich bereite gerade einen längeren Grundlagen-Post über (ultra-)Darwinismus/ Adaptionismus vor. Bislang existiert dieser Post zwar nur meinem Kopf, ich hoffe aber in diesem anhand meines Projekts die Grundzüge der Diskussion darstellen zu können. Dadurch sollte dann auch mein Projekt klarer werden...
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