Change of language, change of content

From now on this blog is about my adventures in bioinformatics and in the use of open source software:
The code is bash, perl, R -especially sweave/noweb-, LaTeX and my lovely, beastly OS editor`s (Gnu-Emacs) elisp.

I will publish code snippets and short comments in English language. You con read about the same and my other more biology focussed interests in German on Alles was lebt.

Montag, 28. Juli 2008

Synonyme Gen-Namen

Heute hat das Programm TaxMan bei mir für unerwartete Heiterkeit gesorgt (ich könnte mich jetzt noch wegschmeißen vor Lachen). Man kann das Programm dazu nutzen Sequenz-Datensätze von GenBank herunterzuladen. Im Laufe dieses Prozesses lässt man sich zu aus einem von Hand heruntergeladenen Datensatz Synonyme für Gen-Namen ausgeben, die man dann in einer config Datei speichert um eben z.B. nicht nur "SSU rRNA" sondern auch "small subunit ribosomal RNA" und alle möglichen Namenskombis beim später automatisierten Prozess zu erwischen.

Hier die Ausgabe die ich dabei heute Mittag bestaunen durfte:
[...]
The gene name small subinut ribosomal RNA was found 13 times
[...]

Ich schmeiss mich weg: Subinut, SUBINUT, SUBINUT

Find nur ich das so lustig? Setzt mein Hirn grad (wegen Überforderung) aus?
Zu verdanken hab ich das ganze Min Hu , Stefano D'Amelio, Xingquan Zhu, Lia Paggi und Robin Gasser die die 14 Sequenzen 2001 im Rahmen ihres Papers "Mutation scanning for sequence variation in three mitochondrial DNA regions for members of the Contracaecum osculatum (Nematoda: Ascaridoidea) complex." hochgeladen haben.

Sanke dehr!

Hoffentlich sind die Sequenzen selbst akkurater...

Kommentare:

Argent23 hat gesagt…

Ich kann nur immer wieder wiederholen: Was Gennamen angeht gibt es nichts besseres als zwei Arabidopsisgene - superman und sein Inhibitor kryptonite! Wobei, die mittlerweile überall zu findenden Proteine mit RING-Domäne sind auch nicht schlecht. Das steht nämlich für Really Interesting New Gene...Und wenn man unter Erwachsenen ist kann man ruhig auch mal über die Abkürzung der FUC Kinase sprechen...

derele hat gesagt…

Mein unangefochtener Favorit bei den absichtlich kreativen Namen ist und bleibt Mothers against decapentaplegic... um mal hier die Invertebraten-Fahne hochzuhalten :-).