Change of language, change of content

From now on this blog is about my adventures in bioinformatics and in the use of open source software:
The code is bash, perl, R -especially sweave/noweb-, LaTeX and my lovely, beastly OS editor`s (Gnu-Emacs) elisp.

I will publish code snippets and short comments in English language. You con read about the same and my other more biology focussed interests in German on Alles was lebt.

Samstag, 6. September 2008

Würmer in Paris: Ist DNA-barcoding unfair?

Ein Großteil der Diskussion nach dem DNA-barcoding Symposium auf dem EMOP hatte anstatt der technischen Schwierigkeiten [1] leider eine andere Grundlage:

3. R. Guerrero stellte die Schwierigkeiten der Forscher aus "Schwellenländern" sich umfangreiche Sequenzierungen finanziell leisten zu können in den Vordergrund:
Dadurch würden gerade in diesen Ländern, in denen die Biodiversität am größten ist keine Fortschritte erzielt, während in den entwickelten Ländern, mit fast vollständig beschriebener Diversität nach kryptischen Arten gesucht wird.
Ganz von der Hand zu weißen sind diese Einwände wahrscheinlich nicht, da selbst wenn Sequenzierungen immer günstiger werden, das Anlegen von großen Datenbanken, die Morphologie (Museumsexemplare, Bilder, Videos), ökologische Parameter (Verbreitung) mit den Sequenzdaten verknüpfen immer noch teuer bleibt.

Andererseits: Kein Doktorrand wird sich dagegen sträuben im Rahmen seiner Dissertation in die Tropen zu reisen um umfangreiche Proben zu nehmen, die dann daheim sequenziert werden. Und auch der durchschnittliche Arbeitsgruppenleiter auf seinem speziellen Gebiet wird (sobald Hochdurchsatzsequenzierung mal wirklich nichts mehr kostet und weit verbreitet ist) den Vorteil und das Prestige erkennen den die Entdeckung hunderter "möglicher Arten" bietet.

[1] Davon gibt es (scheinbar?) genügend: Alleine F1000 listet 3 Paper, die von Problemen berichten (in Fällen, wo die intraspezifische Varianz die interspezifische überlappt) und 3 Paper die Erfolge beschreiben.
Zurzeit gibt es außerdem ein viel diskutiertes Paper über Probleme durch COI-Pseudogene im Kern...
...das ganze ist schwer zu beurteilen und natürlich spielen dabei die persönlichen Arbeitsweisen eine Rolle. Ein deutscher Evolutionsökolge meinte scherzhaft zu einem Kollegen, als ich ihn darauf ansprach dass ich gerne alle Aalparasiten barcoden würde: "Vorsicht, der will uns wegrationalisieren: Dann schmeisst er nur noch alles in nen Mixer und zählt Sequenzen..."

Kommentare:

Argent23 hat gesagt…

War das ein Evolutionsökologe, den ich kenne? Diese Einstellung kommt mir übrigens nur zu bekannt vor, das haben wir ja auch in ähnlicher Form schon im Studium an den Kopf geworfen bekommen, weil wir molekularbiologisch arbeiteten...

Wo hast du denn Zugriff auf F1000? Edinburgh? Neid!

derele hat gesagt…

Es war der einzige am ehemaligen MPI für Limnologie in Plön, der noch mit Fischen arbeitet... Martin Kalbe

Das Ganze war aber auch nur absolut scherzhaft zu Bernd Sures...

Die Gruppe hat z.B. sehr interesante Paper zum Stichling-MHC-Polymorphismus
(z.B dieses Science Paper mit nem Interessanten Letter und ner Gegenreaktion auf diesen)