Change of language, change of content

From now on this blog is about my adventures in bioinformatics and in the use of open source software:
The code is bash, perl, R -especially sweave/noweb-, LaTeX and my lovely, beastly OS editor`s (Gnu-Emacs) elisp.

I will publish code snippets and short comments in English language. You con read about the same and my other more biology focussed interests in German on Alles was lebt.

Samstag, 6. September 2008

Würmer in Paris: Orientation within host tissues

Ich fange heute an einen längeren Post über den in meinen Augen interessantesten Vortrag der EMOP zu schreiben, dazu wollen aber (mangels Mitschrieb) noch einige Paper gelesen werden.

Zuächst aber kurze Zusammenfassungen einiger anderer Vorträge und Diskussionen.

1. Wilfried Haas: ORIENTATION WITHIN HOST TISSUES: MECHANISMS OF PARASITE NAVIGATION

Im Labor von Prof. Haas in Erlangen konnte in den letzen Jahren durch in vivo Experimenten eine Wanderung von Trematoden (und mit in geringerem Umfang auch von Nematoden) entlang von chemischen Gradienten demonstriert werden. Alle getesteten Helminthen außer der Nematode Necator americanus wanderten dabei in Agar entlang von Gradienten des Wirtsplasmas. Die Gruppe demonstrierte dann durch eine Auftrennung des Wirtsplasmas und umfangreiche Tests, dass für die untersuchten Trematoden Arginin, Glucose und Mannose anziehend wirken, Glucosamin abstoßend. Der zweite Nematode Ancylostoma duodenale wanderte in Richtung anorganischer Ionen. Diese Ergebnisse machen durchaus evolutionsökologischen Sinn, da die Metacercarien von Trematoden, sobald sie in den Endwirt eingedrungen sind, empfindlich gegenüber Sauerstoff werden, und so sicherstellen müssen, dass sie in tiefere Gewebeschichten vordringen (wo Arginin , Glucose und Mannose vorkommen) und eine erneutes durchstoßen der Wirtshaut (in der Glucosamin vorkommt) vermeiden.
Ich kann hier trotzdem nicht auf die Veröffentlichungen der Gruppe verlinken, da die Ergebnisse der vorherrschenden Meinung widersprechen, dass Parasiten (inkl. Tremtoden) lediglich genetisch programmierten Wanderruten in der Leibeshöhle des Wirtes folgen.
So wurden laut Prof. Haas bisher alle Veröffentlichungen dieser Arbeiten vom wichtigsten Vertreter der vorherrschenden Lehrmeinung Prof. Michael V. K. Sukhdeo geblockt. Die Gründe dafür sind, dass ein in vivo System nicht als Grundlage für die Revision einer solch etablierten Lehrnmeinung anerkannt wird. Die Gruppe um Prof. Haas war die erste Gruppe weltweit der überhaupt die Demonstration des beschriebenen Phänomens gelang, da die Einstellung der Gradienten von sehr geringen Konzentrationen offenbar in sehr vielen Versuchen anderer Gruppen zuvor misslang.

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