Ein phylogenetischer Kuchen und die Paraphylie der Reptilien

Britische Supermärkte weisen eine geringe Biodiversität auf, was Fruchtgummi-Invertebraten betrifft. Daher waren wir gezwungen einen sehr vertebraten-lastigen phylogenetischen Kuchen zum Geburtstag unseres Prof's zu backen, obwohl sich dessen Interessen eher auf Invertebraten (diese Gruppe ist übrigens auch paraphyletisch) fokussieren. Genauer gesagt gehören die meisten terminalen Taxa unseres Nachtisches zu einer Gruppe, die gemeinhin als Kriechtiere (Reptilien) bezeichnet wird.

Folgendes Kladogramm gibt korrekte Verwandtschaftsverhältnisse wieder:



Für alle mit etwas eingerosteten Fruchtgummitier-Kenntnissen, die terminalen Taxa von links nach rechts:
Vogel(Hühner-Ei: Gallus gallus), Saurier (Tyrannosaurus rex), Alligator, nicht näher bestimmte Schlange (Serpentes), Maus (Mus), Bär(Ursus), Hai, (Carcharodon), Rundwürmer (Nematoda), Plattwurm (Platyhelminthes) und Nautilus.

Schön zu erkennen ist auf dem Kuchen, dass in der Gruppe, die wir allgemein als Reptilien kennen, gefiederte Dinosaurier enthalten sind: Die Vögel.
Daher bezeichnet der althergebrachte Name "Kriechtiere/Reptilien" eine sogenannte paraphyletische Gruppe, die näherungsweise alle nicht gefiederten Sauropsida umfasst.

Zum weitern Kladogramm:
Die Sauropsida bilden zusammen mit den Säugetieren eine Schwestergruppe der Knorpelfische (vertreten durch den Hai). Interessant hierbei ist, dass hätten wir einen Knochenfisch (Teleostei) mit eingeschlossen, dieser zu der Gruppe der Vertebraten mit Knochen (Teleostomi) gehört hätte. Beispielsweise ein Goldfisch ist also näher mit uns Primaten verwandt als mit einem Hai.
Die vertretenen Wirbellosen gehören zu den Protostomiern und teilen sich in Ecdysozoa und Lophotrochozoa, wobei bei letzteren auf unserem Kuchen die Plattwürmer von den Mollusken zu unterscheiden sind.

P.S.
Im Moment geht meine zurzeit sehr spannende Arbeit vor, daher werden die nächsten zeitaufwendigen Popgen-Posts noch etwas auf sich warten lassen.

192 mal daneben

Ich hab mich wohl etwas zu sehr gefreut, dass bisher hier alles so gut lief. Fast hab ich schon daran gezweifelt, dass Molekularbiologie langwierig und schwierig ist.
Eben hatte ich auf dem Gel (nee zwei Gelen) auf die ich DNA aus 192 Kolonie-PCRs aufgetragen hab keine einzige Bande.


Von der Sorte hab ich noch eins :-(

Ich hoff das liegt an der PCR und nicht daran dass die Kolonien nix waren...
Erster Verdacht: Ich hab das Template (also die Zellen) vergessen, wär gut möglich, dass ich nur den Mastermix verteilt hab...

Das Nachzählen der kleinen Spitzen im Abfall verstärkt diesen Verdacht.
Zum Glück hab ich hier noch keine Freunde, die mich vom Arbeiten abhalten, jetzt mach ich eben nochmal acht PCRs in denen garantiert n paar E. coli schwimmen.

Ich will die verdammten Pilot-ESTs am Dienstag! Ich will!

Meine cDNA ist okay sagt diese Kollegen:



Die Kolonien sind auch schön gewachsen und waren nicht im Enferntesten blau.

Jetzt hab ich auf jeden Fall was zu tun am Wochenende...


Und meine Pipetten kann ich in den Zwischenzeiten schon der Größe nach sortieren... neee doch lieber andersherum...

Unsichtbare Pellets...

...und multiple Allignments haben mich über zwei Wochen vom Posten abgehalten!

Ich bin am 7.7. in Edinburgh angekommen und hatte etwas wenig Zeit, da ich mich hier erstmal akklimatisieren musste. Im Klartext heißt das, dass ich hier zum ersten mal seit fast zwei Jahren wieder mit molekularbiologischen Methoden arbeite und zum ersten mal überhaupt Sequenzdaten am Computer analysiere.

Wirklich überrascht bin ich davon, wie gut und reibungslos hier im Labor einfach alles funktioniert. Das liegt wahrscheinlich auch an dem Top-Equipment hier, ich werd in den nächsten Tagen noch Labor-Bilder posten...

Um mal zu zeigen, warum Edinburgh trotz des Wetters sehr schön und ne Reise wert ist, hier erst mal n paar Wochenend-Bilder...

Edinburgh ab 07.07.08