Ab sofort gibt es alle meine Posts in deutscher Sprache auf dem Blog Alles-was-lebt.
Die Populationsgenetik-Serie wird dort fortgesetzt!
Hier auf Selective Sweep werde ich weiter auf Englisch schreiben, falls ich dazu komme.
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Freitag, 6. März 2009
Sonntag, 1. März 2009
The Rap Guide to Evolution
Eigentlich hatte ich gerade "Darwin rocks" ein von der VW-Stiftung gesponsertes Projekt an der Uni Tübingen gesucht.
Dabei ist mir der "rap guide to evolution" von Baba Brinkman (Babasword) auf dem Blog des Smithonian Mags untergekommen. Props, verdammt tight!
Es gibt auch noch weitere Teile...
Und der Mann hat auch einen Blog der eben sofort in meinen Feedreader gewandert ist.
Dabei ist mir der "rap guide to evolution" von Baba Brinkman (Babasword) auf dem Blog des Smithonian Mags untergekommen. Props, verdammt tight!
Es gibt auch noch weitere Teile...
Und der Mann hat auch einen Blog der eben sofort in meinen Feedreader gewandert ist.
Samstag, 31. Januar 2009
Ein phylogenetischer Kuchen und die Paraphylie der Reptilien
Britische Supermärkte weisen eine geringe Biodiversität auf, was Fruchtgummi-Invertebraten betrifft. Daher waren wir gezwungen einen sehr vertebraten-lastigen phylogenetischen Kuchen zum Geburtstag unseres Prof's zu backen, obwohl sich dessen Interessen eher auf Invertebraten (diese Gruppe ist übrigens auch paraphyletisch) fokussieren. Genauer gesagt gehören die meisten terminalen Taxa unseres Nachtisches zu einer Gruppe, die gemeinhin als Kriechtiere (Reptilien) bezeichnet wird.
Folgendes Kladogramm gibt korrekte Verwandtschaftsverhältnisse wieder:
Für alle mit etwas eingerosteten Fruchtgummitier-Kenntnissen, die terminalen Taxa von links nach rechts:
Vogel(Hühner-Ei: Gallus gallus), Saurier (Tyrannosaurus rex), Alligator, nicht näher bestimmte Schlange (Serpentes), Maus (Mus), Bär(Ursus), Hai, (Carcharodon), Rundwürmer (Nematoda), Plattwurm (Platyhelminthes) und Nautilus.
Schön zu erkennen ist auf dem Kuchen, dass in der Gruppe, die wir allgemein als Reptilien kennen, gefiederte Dinosaurier enthalten sind: Die Vögel.
Daher bezeichnet der althergebrachte Name "Kriechtiere/Reptilien" eine sogenannte paraphyletische Gruppe, die näherungsweise alle nicht gefiederten Sauropsida umfasst.
Zum weitern Kladogramm:
Die Sauropsida bilden zusammen mit den Säugetieren eine Schwestergruppe der Knorpelfische (vertreten durch den Hai). Interessant hierbei ist, dass hätten wir einen Knochenfisch (Teleostei) mit eingeschlossen, dieser zu der Gruppe der Vertebraten mit Knochen (Teleostomi) gehört hätte. Beispielsweise ein Goldfisch ist also näher mit uns Primaten verwandt als mit einem Hai.
Die vertretenen Wirbellosen gehören zu den Protostomiern und teilen sich in Ecdysozoa und Lophotrochozoa, wobei bei letzteren auf unserem Kuchen die Plattwürmer von den Mollusken zu unterscheiden sind.
P.S.
Im Moment geht meine zurzeit sehr spannende Arbeit vor, daher werden die nächsten zeitaufwendigen Popgen-Posts noch etwas auf sich warten lassen.
Folgendes Kladogramm gibt korrekte Verwandtschaftsverhältnisse wieder:
Für alle mit etwas eingerosteten Fruchtgummitier-Kenntnissen, die terminalen Taxa von links nach rechts:
Vogel(Hühner-Ei: Gallus gallus), Saurier (Tyrannosaurus rex), Alligator, nicht näher bestimmte Schlange (Serpentes), Maus (Mus), Bär(Ursus), Hai, (Carcharodon), Rundwürmer (Nematoda), Plattwurm (Platyhelminthes) und Nautilus.
Schön zu erkennen ist auf dem Kuchen, dass in der Gruppe, die wir allgemein als Reptilien kennen, gefiederte Dinosaurier enthalten sind: Die Vögel.
Daher bezeichnet der althergebrachte Name "Kriechtiere/Reptilien" eine sogenannte paraphyletische Gruppe, die näherungsweise alle nicht gefiederten Sauropsida umfasst.
Zum weitern Kladogramm:
Die Sauropsida bilden zusammen mit den Säugetieren eine Schwestergruppe der Knorpelfische (vertreten durch den Hai). Interessant hierbei ist, dass hätten wir einen Knochenfisch (Teleostei) mit eingeschlossen, dieser zu der Gruppe der Vertebraten mit Knochen (Teleostomi) gehört hätte. Beispielsweise ein Goldfisch ist also näher mit uns Primaten verwandt als mit einem Hai.
Die vertretenen Wirbellosen gehören zu den Protostomiern und teilen sich in Ecdysozoa und Lophotrochozoa, wobei bei letzteren auf unserem Kuchen die Plattwürmer von den Mollusken zu unterscheiden sind.
P.S.
Im Moment geht meine zurzeit sehr spannende Arbeit vor, daher werden die nächsten zeitaufwendigen Popgen-Posts noch etwas auf sich warten lassen.
Sonntag, 30. November 2008
Google und die deutsche Evolutionsbiolgie
Zu meinem großen Erstaunen konnte ich eben feststellen, dass ich für den Suchbegriff
den Top-Hit von insgesamt 4010 Treffern auf Google habe. Die äquivalente Englischsprachige Suche ergibt 31300 Treffer mit einem Wikipedia-Eintrag an erster Stelle.
Sehr beunruhigend ist, dass kreationistische Texte wie das deutschen Intelligent-Design Lehrbuch "Evolution, ein kritisches Lehrbuch" von Reinhard Junker und Siegfried Scherer und eine positive Rezension zu diesem, zwei der ersten zehn Plätze einnehmen. Ein dritter Platz unter den ersten zehn bei dieser Suche geht an www.kritische-naturgeschichte.de, eine wissenschaftsfeindliche deutsche Seite, die - scheinbar ideologisch unabhängig - versucht die wissenschaftliche Methode als unanwendbar in der Biologie darzustellen.
Nach der ersten Freude über die Google-Suche, bin mir meiner Verantwortung bewusst, die "Fackel der Aufklärung" im deutschsprachigen Raum hochzuhalten.
Die nahezu neutrale Theorie der molekularen Evolution
den Top-Hit von insgesamt 4010 Treffern auf Google habe. Die äquivalente Englischsprachige Suche ergibt 31300 Treffer mit einem Wikipedia-Eintrag an erster Stelle.
Sehr beunruhigend ist, dass kreationistische Texte wie das deutschen Intelligent-Design Lehrbuch "Evolution, ein kritisches Lehrbuch" von Reinhard Junker und Siegfried Scherer und eine positive Rezension zu diesem, zwei der ersten zehn Plätze einnehmen. Ein dritter Platz unter den ersten zehn bei dieser Suche geht an www.kritische-naturgeschichte.de, eine wissenschaftsfeindliche deutsche Seite, die - scheinbar ideologisch unabhängig - versucht die wissenschaftliche Methode als unanwendbar in der Biologie darzustellen.
Nach der ersten Freude über die Google-Suche, bin mir meiner Verantwortung bewusst, die "Fackel der Aufklärung" im deutschsprachigen Raum hochzuhalten.
Dienstag, 25. November 2008
Seeigelsex Protokoll
Als Ergaenzung zu Argent23's Post "Seeigelsex" auf Holiday Junction poste ich hier das original Protokoll der Giglio-Exkursion von 2006. Es soll ja Leute geben, die ein Mikroskop ihr eigen nennen und unter dieser einen Vorraussetzungen ist das Ganze eine wirklich spannende Urlaubsbeschaeftigung. Vielleicht stolpert ja auch der eine oder andere Kursteilnehmer bei der Vorbereitung der Versuche ueber diese Posts... Viel Spass!
Larvalentwicklung der Echinodermata
1. Einleitung
Stachelhäuter sind getrenntgeschlechtlich und pflanzen sich fort, indem sie Samenzellen und Eier direkt ins Wasser freisetzen. Das Geschlechterverhältnis ist dadurch bei vielen Arten zugunsten der Männchen auf etwa Drei zu Eins verschoben. Die meisten Arten haben pelagische Larven, die sich von Plankton ernähren. Im Gegensatz zu ihren Eltern sind die Larven bilateralsymmetrisch. Erst wenn sie sich auf dem Boden niederlassen verändert sich ihr Körper und zeigt die typische Radiärsymmetrie. In der Entwicklung der Larven wird außerdem der Urmund zum späteren After, und ein sekundärer Mund bildet sich, was die Echinodermata als Deuterostomier ausweist.
Seeigelembryonen werden daher, und weil sie leicht zugänglich und durchsichtig sind als Modellsystem für Entwicklungsvorgänge benutzt.
2.Gewinnung der Gameten
Wir benutzten für unseren Versuch den Schwarzen Seeigel, Arbacia lixula, der im Mittelmeerraum und so auch auf Giglio an allen Felsküsten häufig vorkommt.
Da die Tiere sehr empfindlich auf Kontakt mit der Luft reagieren, wurde einmal sofort am Strand versucht Eizellen und Sperma zu gewinnen, ein zweites Mal wurden andere Tiere erst im Labor der Prozedur unterzogen. Die Tiere wurden mit der Oralseite nach oben in ein Becherglas, gefüllt mit sterilfiltriertem Meerwasser, gesetzt. Zum Sterilfiltrieren hatten wir das Meerwasser mit einer Spritze und einem geeigneten Aufsatz durch einen Filter mit einer Maschenweite von 0,2μm gepresst.
Den Seeigeln wurde nun etwa 2ml Kaliumchlorid mit einer Injektionsspritze durch die Mundöffnung in die Leibeshöhle injiziert, was eine Depolarisation und ein Ausstoßen der Gameten bewirken sollte.
Dazu verwendeten wir am Strand versehentlich 30%iges (circa 5M) im Labor später 0,5 molares KCl. Trotzdem kam es bei beiden Ansätzen zu einem Ausstoßen von Gameten, wobei nicht alle Tiere wie gewünscht reagierten. Es zeigte sich dass eine schräge Injektion tief ins innere des Tieres die größte
Erfolgswahrscheinlichkeit mit sich bringt. Dies könnte daher rühren, dass so das Kaliumchlorid direkt in die Gonade seitlich unter der Apikalseite gespritzt wurde.
Folgende Tabellen zeigen die Anzahl männlicher und weiblicher Tiere, die Keimzellen ausstießen. Die Zahl in der Spalte BG gibt an wie viele Tiere weder Spermien noch Eizellen abgaben.
Strand
BG---männlich---weiblich
6------------3---------------2
Labor
BG---männlich---weiblich
4------------4---------------2
Durch die hohe Anzahl von Tieren unbestimmten Geschlechts macht eine Statistik der Geschlechterverteilung keinen Sinn. Die Gameten wurden mit einer Pipette vom Boden der Bechergläser entnommen und getrennt, gekühlt aufbewahrt.
Entwicklung der Embryonen
Wir gaben nun in zwei Petrischalen die am Strand erhaltenen Spermien zu den dort gewonnenen Eizellen und stellten eine der beiden Schalen kühl.
Ebenso verfuhren wir mit den erst im Labor erhaltenen Geschlechtszellen.
Nach der Befruchtung der bereits polar gebauten Eizelle(Polkörperchen am animalen Pol) wurde ein Eindringen weiterer Spermien durch eine Veränderung der Plasmamembran zur Befruchtungsmembran, die nun so genannte Corticalgranula als äußere Schutzschicht enthält, verhindert. Diese Befruchtungsmembran war bei allen Versuchsansätzen als dünner Kranz um die Zygote zu erkennen.
Auch die ersten beiden Furchungen, die das Ei entlang der animal-vegetativen Achse teilen konnten wir bei den bei Zimmertemperatur gelagerten Ansätzen nach ca.20 und 40 Minuten erkennen. Die im Kühlschrank gelagerten Embryonen erreichten nach etwa 20 Stunden dieses Stadium.
Nach etwa zwei Stunden hatten die Zimmertemperatur-Ansätze das 16-Zell-Stadium erreicht. Dieses entsteht nach der vierten inäqual verlaufenden Furchung und zeigt am vegetativen Pol vier kleine Mikromeren.
Nach etwa 5 Stunden befanden sich in den beiden bei Zimmertemperatur gelagerten Ansätzen bereits Blastulae. Auch die gekühlten Ansätze erreichten dieses Stadium, allerdings erst nach fünf Tagen.
Die darauf folgenden Stadien, zwischen Blastula und Larve, entwickelten sich über Nacht und konnten daher leider nicht dokumentiert werden.
Bei Beginn der Gastrulation wanderten vom vegetativen Pol etwa 40 primäre
Mesenchymzellen in das innere der Blastula. Dort stülpte sich der Darm ein, der dann mit dem Mund, der sich von der gegenüberliegenden Seite eingestülpt hatte, verschmolz.
Nach etwa 48 Stunden konnten wir im Ansatz, mit den am Strand gewonnenen
Gameten, der bei Zimmertemperatur gelagert wurde, Pluteuslarven entdecken.
Die Embryonen des im Labor gewonnenen Ansatzes waren von Pilzsporen oder
anderen Verunreinigungen zerstört. Auch die beiden im Kühlschrank gelagerten Ansätze starben nach fünf Tagen im Blastulastadium ab.
Wahrscheinlich war nur beim ersten Sterilfiltrieren des Meerwassers unser Filteraufsatz richtig dicht.
In unserem ersten Ansatz konnten wir nach drei Tagen sogar die beginnende
Metamorphose zum radiärsymmetrischen Tier beobachten. Es hatte sich am Boden der Petrischale mit einem radiärsymmetrischen Auswuchs angeheftet.
Larvalentwicklung der Echinodermata
1. Einleitung
Stachelhäuter sind getrenntgeschlechtlich und pflanzen sich fort, indem sie Samenzellen und Eier direkt ins Wasser freisetzen. Das Geschlechterverhältnis ist dadurch bei vielen Arten zugunsten der Männchen auf etwa Drei zu Eins verschoben. Die meisten Arten haben pelagische Larven, die sich von Plankton ernähren. Im Gegensatz zu ihren Eltern sind die Larven bilateralsymmetrisch. Erst wenn sie sich auf dem Boden niederlassen verändert sich ihr Körper und zeigt die typische Radiärsymmetrie. In der Entwicklung der Larven wird außerdem der Urmund zum späteren After, und ein sekundärer Mund bildet sich, was die Echinodermata als Deuterostomier ausweist.
Seeigelembryonen werden daher, und weil sie leicht zugänglich und durchsichtig sind als Modellsystem für Entwicklungsvorgänge benutzt.
2.Gewinnung der Gameten
Wir benutzten für unseren Versuch den Schwarzen Seeigel, Arbacia lixula, der im Mittelmeerraum und so auch auf Giglio an allen Felsküsten häufig vorkommt.
Da die Tiere sehr empfindlich auf Kontakt mit der Luft reagieren, wurde einmal sofort am Strand versucht Eizellen und Sperma zu gewinnen, ein zweites Mal wurden andere Tiere erst im Labor der Prozedur unterzogen. Die Tiere wurden mit der Oralseite nach oben in ein Becherglas, gefüllt mit sterilfiltriertem Meerwasser, gesetzt. Zum Sterilfiltrieren hatten wir das Meerwasser mit einer Spritze und einem geeigneten Aufsatz durch einen Filter mit einer Maschenweite von 0,2μm gepresst.
Den Seeigeln wurde nun etwa 2ml Kaliumchlorid mit einer Injektionsspritze durch die Mundöffnung in die Leibeshöhle injiziert, was eine Depolarisation und ein Ausstoßen der Gameten bewirken sollte.
Dazu verwendeten wir am Strand versehentlich 30%iges (circa 5M) im Labor später 0,5 molares KCl. Trotzdem kam es bei beiden Ansätzen zu einem Ausstoßen von Gameten, wobei nicht alle Tiere wie gewünscht reagierten. Es zeigte sich dass eine schräge Injektion tief ins innere des Tieres die größte
Erfolgswahrscheinlichkeit mit sich bringt. Dies könnte daher rühren, dass so das Kaliumchlorid direkt in die Gonade seitlich unter der Apikalseite gespritzt wurde.
Folgende Tabellen zeigen die Anzahl männlicher und weiblicher Tiere, die Keimzellen ausstießen. Die Zahl in der Spalte BG gibt an wie viele Tiere weder Spermien noch Eizellen abgaben.
Strand
BG---männlich---weiblich
6------------3---------------2
Labor
BG---männlich---weiblich
4------------4---------------2
Durch die hohe Anzahl von Tieren unbestimmten Geschlechts macht eine Statistik der Geschlechterverteilung keinen Sinn. Die Gameten wurden mit einer Pipette vom Boden der Bechergläser entnommen und getrennt, gekühlt aufbewahrt.
Entwicklung der Embryonen
Wir gaben nun in zwei Petrischalen die am Strand erhaltenen Spermien zu den dort gewonnenen Eizellen und stellten eine der beiden Schalen kühl.
Ebenso verfuhren wir mit den erst im Labor erhaltenen Geschlechtszellen.
Nach der Befruchtung der bereits polar gebauten Eizelle(Polkörperchen am animalen Pol) wurde ein Eindringen weiterer Spermien durch eine Veränderung der Plasmamembran zur Befruchtungsmembran, die nun so genannte Corticalgranula als äußere Schutzschicht enthält, verhindert. Diese Befruchtungsmembran war bei allen Versuchsansätzen als dünner Kranz um die Zygote zu erkennen.
Auch die ersten beiden Furchungen, die das Ei entlang der animal-vegetativen Achse teilen konnten wir bei den bei Zimmertemperatur gelagerten Ansätzen nach ca.20 und 40 Minuten erkennen. Die im Kühlschrank gelagerten Embryonen erreichten nach etwa 20 Stunden dieses Stadium.
Nach etwa zwei Stunden hatten die Zimmertemperatur-Ansätze das 16-Zell-Stadium erreicht. Dieses entsteht nach der vierten inäqual verlaufenden Furchung und zeigt am vegetativen Pol vier kleine Mikromeren.
Nach etwa 5 Stunden befanden sich in den beiden bei Zimmertemperatur gelagerten Ansätzen bereits Blastulae. Auch die gekühlten Ansätze erreichten dieses Stadium, allerdings erst nach fünf Tagen.
Die darauf folgenden Stadien, zwischen Blastula und Larve, entwickelten sich über Nacht und konnten daher leider nicht dokumentiert werden.
Bei Beginn der Gastrulation wanderten vom vegetativen Pol etwa 40 primäre
Mesenchymzellen in das innere der Blastula. Dort stülpte sich der Darm ein, der dann mit dem Mund, der sich von der gegenüberliegenden Seite eingestülpt hatte, verschmolz.
Nach etwa 48 Stunden konnten wir im Ansatz, mit den am Strand gewonnenen
Gameten, der bei Zimmertemperatur gelagert wurde, Pluteuslarven entdecken.
Die Embryonen des im Labor gewonnenen Ansatzes waren von Pilzsporen oder
anderen Verunreinigungen zerstört. Auch die beiden im Kühlschrank gelagerten Ansätze starben nach fünf Tagen im Blastulastadium ab.
Wahrscheinlich war nur beim ersten Sterilfiltrieren des Meerwassers unser Filteraufsatz richtig dicht.
In unserem ersten Ansatz konnten wir nach drei Tagen sogar die beginnende
Metamorphose zum radiärsymmetrischen Tier beobachten. Es hatte sich am Boden der Petrischale mit einem radiärsymmetrischen Auswuchs angeheftet.
Donnerstag, 20. November 2008
Statistik ist mehr als die drei Tests, und was ich im Moment so mache.
Der Hauptgrund warum hier nichts los ist hat nur einen Buchstaben: R.
Während meiner Diplomarbeit habe ich neben meinem Interesse an Genomik auch einen Hang zu quantitativem Arbeiten entwickelt. Genauer gesagt sollte ich damals die Darmwand "meines [1]" Wurms elektronenmikroskopisch untersuchen und verschiedene Parameter dieses Epithels aus verschiedenen "experimentellen Gruppen" vergleichen(d vermessen). Ich habe mir daraufhin ein Programm beschafft mit dem ich die digitalisierten Bilder vermessen konnte und habe so eine riesigen Datensatz generiert.
Die Analyse in SPSS gestaltete sich dann folgendermaßen:
Alles was nach den erste beiden Pfeilen steht ist dabei was die Vorgehensweise bei der Datenauswertung betrifft bestenfalls nicht besonders elegant [2]. Effekte aller Variablen habe ich nacheinander in willkürlicher Weise auseinander "seziert".
Die korrekte Vorgehensweise wäre ein statistisches Modell auf die Daten anzupassen. Dabei würden dann schrittweise von einem Maximalmodell ausgehend nicht signifikante Variablen ausgeschlossen.
Einer der vielen Vorteile von R ist nun, dass es die Datenanalyse geradezu in Richtung einer solchen Modellierung lenkt.
Der Datensatz meiner Diplomarbeit ist für meine derzeitigen Fähigkeiten trotzdem noch etwas zu kompliziert. Ich beschäftige mich hauptsächlich mit Infektionsdaten, die ich Anfang des Jahres in Taiwan gesammelt habe. Es geht darum den Zusammenhang von Kapseln in der Darm- und Schwimmblasenwand mit der Infektion zu testen (die Kapseln sind tote Larven!).
Neben meiner statistischen Modellierung amplifizieren und sequenzieren wir ("mein" Diplomand Dominik) im Moment aus den Kapseln einige Gene für die wir sehr Nematoden-spezifische Primer haben.
[1] Sobald "mein" Transkriptom online ist lass ich die Anführungszeichen weg ;-)
[2] Ich wurde gerade dafür trotzdem von den Gutachtern meiner Arbeit gelobt. Das Hauptproblem an diesem Datensatz ist auch wirklich die pseudo-Replikation, darum die vielen Mittelwerte.
Während meiner Diplomarbeit habe ich neben meinem Interesse an Genomik auch einen Hang zu quantitativem Arbeiten entwickelt. Genauer gesagt sollte ich damals die Darmwand "meines [1]" Wurms elektronenmikroskopisch untersuchen und verschiedene Parameter dieses Epithels aus verschiedenen "experimentellen Gruppen" vergleichen(d vermessen). Ich habe mir daraufhin ein Programm beschafft mit dem ich die digitalisierten Bilder vermessen konnte und habe so eine riesigen Datensatz generiert.
Die Analyse in SPSS gestaltete sich dann folgendermaßen:
Alles was nach den erste beiden Pfeilen steht ist dabei was die Vorgehensweise bei der Datenauswertung betrifft bestenfalls nicht besonders elegant [2]. Effekte aller Variablen habe ich nacheinander in willkürlicher Weise auseinander "seziert".
Die korrekte Vorgehensweise wäre ein statistisches Modell auf die Daten anzupassen. Dabei würden dann schrittweise von einem Maximalmodell ausgehend nicht signifikante Variablen ausgeschlossen.
Einer der vielen Vorteile von R ist nun, dass es die Datenanalyse geradezu in Richtung einer solchen Modellierung lenkt.
Der Datensatz meiner Diplomarbeit ist für meine derzeitigen Fähigkeiten trotzdem noch etwas zu kompliziert. Ich beschäftige mich hauptsächlich mit Infektionsdaten, die ich Anfang des Jahres in Taiwan gesammelt habe. Es geht darum den Zusammenhang von Kapseln in der Darm- und Schwimmblasenwand mit der Infektion zu testen (die Kapseln sind tote Larven!).
Neben meiner statistischen Modellierung amplifizieren und sequenzieren wir ("mein" Diplomand Dominik) im Moment aus den Kapseln einige Gene für die wir sehr Nematoden-spezifische Primer haben.
[1] Sobald "mein" Transkriptom online ist lass ich die Anführungszeichen weg ;-)
[2] Ich wurde gerade dafür trotzdem von den Gutachtern meiner Arbeit gelobt. Das Hauptproblem an diesem Datensatz ist auch wirklich die pseudo-Replikation, darum die vielen Mittelwerte.
Samstag, 8. November 2008
Das Volk hat gesprochen!
Ich beuge mich einer eindeutigen 2/3 Mehrheit und werde weiterhin auf Deutsch, Englisch und Denglisch bloggen! Sobald ich wieder dazu komme...
Sonntag, 2. November 2008
Best nematode quote ever
NATHAN AUGUSTUS COBB
1859-1932
"In short, if all the matter in the universe except the
nematodes were swept away, our world would still be dimly
recognizable, and if, as disembodied spirits, we could then
investigate it, we should find its mountains, hills, vales,
rivers, lakes, and oceans represented by a film of
nematodes. The location of towns would be decipherable,
since for every massing of human beings there would be a
corresponding massing of certain nematodes. Trees would
still stand in ghostly rows representing our streets and
highways. The location of the various plants and animals
would still be decipherable, and, had we sufficient
knowledge, in many cases even their species could be
determined by an examination of their erstwhile nematode
parasites."
from "Nematodes and Their Relationships", 1915
Mittwoch, 29. Oktober 2008
VW symposium: Abstract
My abstract for the VW Symposium:
Anguillicola crassus is an eel-specific swimbladder nematode, which parasitizes the Japanese eel Anguilla japonica, found throughout East Asia. This species has also colonized a number of novel hosts: since the early 1980s it has spread throughout almost all populations of the European eel Anguilla anguilla, and also the American eel A. rostrata, since the 1990s. Morphological divergence of the European vs. Asian populations of A. crassus has been documented in field studies. Cross infection experiments, comparing the degree of divergence between the two nematode populations harbored in the same host species, suggest a generally decreased virulence of the European population in comparison to the Asian population, as well as differentiation of live history traits. We are currently employing new high throughput sequencing technology and analysis of gene expression data to identify the potential underlying genes for these differences, with the aim to elucidate whether divergence is driven by evolution of gene expression or coding sequence. We are also testing the "adaptationist" hypothesis that the identified genes may be involved in host-parasite interaction. Finally we will test whether these candidate genes also play a role in divergence in introduced populations of A. crassus in American eels.
Anguillicola crassus is an eel-specific swimbladder nematode, which parasitizes the Japanese eel Anguilla japonica, found throughout East Asia. This species has also colonized a number of novel hosts: since the early 1980s it has spread throughout almost all populations of the European eel Anguilla anguilla, and also the American eel A. rostrata, since the 1990s. Morphological divergence of the European vs. Asian populations of A. crassus has been documented in field studies. Cross infection experiments, comparing the degree of divergence between the two nematode populations harbored in the same host species, suggest a generally decreased virulence of the European population in comparison to the Asian population, as well as differentiation of live history traits. We are currently employing new high throughput sequencing technology and analysis of gene expression data to identify the potential underlying genes for these differences, with the aim to elucidate whether divergence is driven by evolution of gene expression or coding sequence. We are also testing the "adaptationist" hypothesis that the identified genes may be involved in host-parasite interaction. Finally we will test whether these candidate genes also play a role in divergence in introduced populations of A. crassus in American eels.
Promoting Science-Blogging!
Ich werde Ende Februar am "VW Foundation Evolutionary Biology Status Symposium" in Muenster teilnehmen.
Es gibt die Moeglichkeit Diskussionsgruppen (auch ausserhalb streng wissenschaftlicher Themenbereiche) vorzuschlagen, als habe ich eben an die Organisatoren geschrieben:
Mal gespannt wie der Vorschlag ankommt. Das ganze boete natuerlich die Moeglichkeit zu schamloser Eigenwerbung...
Es gibt die Moeglichkeit Diskussionsgruppen (auch ausserhalb streng wissenschaftlicher Themenbereiche) vorzuschlagen, als habe ich eben an die Organisatoren geschrieben:
I have registered for the symposium a few days ago. I just had an idea for a discussion group.
"Science 2.0: Blogging as a new way of science communication"All the best,
- A blog as a medium to publish your thoughts and for scientific discussion
- Examples of the English speaking science-blogging community
- Future directions, interaction with classical ways of science communication and publishing
Emanuel
Mal gespannt wie der Vorschlag ankommt. Das ganze boete natuerlich die Moeglichkeit zu schamloser Eigenwerbung...
Sonntag, 12. Oktober 2008
The Brian Charlsworth quotes of the week
Multiple quotes, all from Thursday.
"It is like in Monty Python`s "The life of Brian": What have mutations ever done for you?"Upright walking? Increased brain size? :-)
"Fortunately the most of my genome is not doing anything...
...it`s just there for decoration!?"
...bringing a ln in the equation for the survival probability of a favourable mutation.
"So we saved the theory of natural selection from death by initial frequencies!"
Dienstag, 7. Oktober 2008
The Brian Charlsworth quote of the week
Ich bin sehr froh hier in Edinburgh Vorlesungen eines der bedeutendsten lebenden Evolutionsbiologen hören zu können. Und da der gute Mann immer für einen Lacher gut ist möchte ich hier jede Woche ein Zitat präsentieren. Für letzte Woche:
Die Woche davor war der beste Satz:
"Protein-biochemists don't understand proteins"Gemeint war, dass Proteinchemiker nicht verstehen, wie (dass) Selektionsdrücke auch auf scheinbar "gleichartige" (z.B. basische AS-> basische AS) Änderungen der Aminosäuresequenz wirken können. Das Zitat gefällt mir besonders, da man an meiner Heimatuni Karlsruhe fast nur von solchen umgeben ist.
Die Woche davor war der beste Satz:
"Zoologists are generally even more stupid than geneticists"Dieser Ausspuch gehörte in den Zusammenhang, dass viele Zoologen bis Mitte des letzten Jahrhunderts noch an der Vereerbung erworbener Merkmale und an "blending inheritance" festhielten.
Dienstag, 23. September 2008
Keine Diskussion erwünscht?
Ein Post aus unerfreulichem Anlass... zunächst die Vorfälle in chronologischer Abfolge ohne Bewertung.
Durch den deutschen Arm von Research-Blogging bin ich Ende letzter Woche auf einen Post auf dem Blog Science-meets-Society aufmerksam geworden. Fee und Uli schreiben dort auf leicht verständliche Art über ein sehr breites Spektrum wissenschaftlicher Veröffentlichungen.
Bei einem kurzen Blick auf nur einen Post über den Fund einer neuen Ameisengattung (Paper) ist mir dann aber ein gewaltiger Fehler aufgefallen:
Mein erster Kommentar (genau wiedergeben kann ich diesen nicht, dazu später mehr) war aus Zeitmangel etwas barsch:
Meine Meinung dazu:
Im deutschsprachigen Raum fehlt bislang eine Diskussionskultur auf Wissenschaftsblogs. Researchblogging ist sicher ein guter Ansatz dies zu ändern. Kritik an Blogposts muss auch in ungeschminkter Form erlaubt sein (dieser Post ist übrigens genauso grottenschlecht, und wird von Argent23 "mit Samthandschuhen" kritisiert). Der Name des Blogs (Science-meets-society; science communication) ist im Zusammenhang mit der Löschung unerwünschter Kommentare geradezu lächerlich.
Ich bin ein großer Fan guter Vereinfachungen von komplexen Zusammenhängen in populärwissenschaftlichen Texten zur Evolutionsbiologie und allgemein von Wissenschaftsjournalismus. Allerdings braucht man um den betreffenden Sprachgebrauch zu beherrschen eine fundierte Kenntnis des Fachgebiets und einige Erfahrung (wegen letzterem lesen sich manche meiner Posts vielleicht auch etwas kryptisch). Gerade die Vereinfachung macht die Sache eben nicht leichter.
Zum thematischen Ursprung des Disputs noch soviel: Wer sich weiter informieren möchte kann dies auf deutschen Blogs noch nicht (falls doch bin ich dankbar für nen Link). Ich werd mich drum kümmern sobald ich etwas mehr Zeit hab! Über Fallstricke im Verständnis von Evolutionsbiologie kann man sich solange super (besser als ich das wahrscheinlich jemals hinbekommen werde) bei T. Tyan Gregory informieren.
Durch den deutschen Arm von Research-Blogging bin ich Ende letzter Woche auf einen Post auf dem Blog Science-meets-Society aufmerksam geworden. Fee und Uli schreiben dort auf leicht verständliche Art über ein sehr breites Spektrum wissenschaftlicher Veröffentlichungen.
Bei einem kurzen Blick auf nur einen Post über den Fund einer neuen Ameisengattung (Paper) ist mir dann aber ein gewaltiger Fehler aufgefallen:
Phylogenetische Analysen haben nun gezeigt, dass es sich bei Martialis wahrscheinlich um den ältesten bekannten Vorfahren der modernen Ameisen handelt, der in einem so stabilen Lebensraum wie dem Regenwaldboden, lange Zeit überdauern konnte. Dies wirft ein völlig neues Licht auf die Evolution und die Entwicklung von außergewöhnlichen Lebensweisen, heute bekannter Ameisen.
Mein erster Kommentar (genau wiedergeben kann ich diesen nicht, dazu später mehr) war aus Zeitmangel etwas barsch:
Aua! Fehler! Eine moderne (heute lebende) Ameisengattung kann niemals der Vorfahre aller heute lebender Ameisengattungen sein.Nach Lesen des Papers hab ich dann etwa folgendes geschrieben:
Die Autoren lehnen sich im "absract" weit aus dem Fenster indem sie- trotz sehr dürftiger Hinweise- spekulieren, die gefundene Ameisenart könnte ihrem mit allen anderen Ameisen gemeinsamen Vorfahren sehr ähnliche sein. In den "conclusions" relativieren sie dann allerdings ihre Hypothese wieder; " The exact nature of the ancestral ant remains uncertain given that the propensity for repeated evolution of an epigaeic lifecycle".Überraschenderweise waren diese beiden Kommentare Tags darauf aus dem Blog verschwunden.Seit dem habe ich zweimal versucht Fee und Uli zu kontaktieren, leider aber keine Antwort erhalten. Ein weiterer Kommentar wurde gelöscht.
Ähnliche Fehler wurden in der populärwissenschaftlichen Berichterstattung über das Platypus-Genom-Paper haufenweise gemacht und un z.B. von T.Ryan Gregory sehr gut diskutiert.
Meine Meinung dazu:
Im deutschsprachigen Raum fehlt bislang eine Diskussionskultur auf Wissenschaftsblogs. Researchblogging ist sicher ein guter Ansatz dies zu ändern. Kritik an Blogposts muss auch in ungeschminkter Form erlaubt sein (dieser Post ist übrigens genauso grottenschlecht, und wird von Argent23 "mit Samthandschuhen" kritisiert). Der Name des Blogs (Science-meets-society; science communication) ist im Zusammenhang mit der Löschung unerwünschter Kommentare geradezu lächerlich.
Ich bin ein großer Fan guter Vereinfachungen von komplexen Zusammenhängen in populärwissenschaftlichen Texten zur Evolutionsbiologie und allgemein von Wissenschaftsjournalismus. Allerdings braucht man um den betreffenden Sprachgebrauch zu beherrschen eine fundierte Kenntnis des Fachgebiets und einige Erfahrung (wegen letzterem lesen sich manche meiner Posts vielleicht auch etwas kryptisch). Gerade die Vereinfachung macht die Sache eben nicht leichter.
Zum thematischen Ursprung des Disputs noch soviel: Wer sich weiter informieren möchte kann dies auf deutschen Blogs noch nicht (falls doch bin ich dankbar für nen Link). Ich werd mich drum kümmern sobald ich etwas mehr Zeit hab! Über Fallstricke im Verständnis von Evolutionsbiologie kann man sich solange super (besser als ich das wahrscheinlich jemals hinbekommen werde) bei T. Tyan Gregory informieren.
Samstag, 20. September 2008
Powerful statistics
Jeder, der schonmal gedacht hat er hätte in einer Präsentation chronologische Daten optimal visualisiert sollte sich das hier mal anschauen...
Hans Rosling bei einem TED-Vortrag
Wie geil ist da eigentlich? Die Idee dahinter nennt sich Gapminder und ist als Google Gadget verfügbar. Jetzt brauch ich nur noch Wurm-Daten, die so ne Darstellung erlauben :-).
Hans Rosling bei einem TED-Vortrag
Wie geil ist da eigentlich? Die Idee dahinter nennt sich Gapminder und ist als Google Gadget verfügbar. Jetzt brauch ich nur noch Wurm-Daten, die so ne Darstellung erlauben :-).
Montag, 25. August 2008
Show-off (international version) Update
Hier ist die endgültige Version meines Vortrags. Um 4 heute Nachmittag werd ich präsentieren!
Sonntag, 17. August 2008
Lesetip
Auf der hier in Edinburgh gerade stattfindenden Buchmesse habe ich gestern eine sehr interessant Buchserie für mich entdeckt:
Oxford University Press: Very short introductions
Die Bücher umfassen 100-150 Seiten im Hosentaschenformat. Ursprünglich wollte ich mir nur mal zu Gemüte führen wie mein "ober Chef" und seine Frau sich eine Einführung in die Evolutionstheorie vorstellen, heute habe ich mir dann aber überzeugt von dem Konzept noch einige weitere der Bücher gekauft. Von "Mathematics" bin ich nach den ersten 25 Seiten auch überzeugt, Molecules hab ich halb durch und finds gut.
Die anderen drei kann ich noch nicht beurteilen, aber vielversprechend...
Oxford University Press: Very short introductions
Die Bücher umfassen 100-150 Seiten im Hosentaschenformat. Ursprünglich wollte ich mir nur mal zu Gemüte führen wie mein "ober Chef" und seine Frau sich eine Einführung in die Evolutionstheorie vorstellen, heute habe ich mir dann aber überzeugt von dem Konzept noch einige weitere der Bücher gekauft. Von "Mathematics" bin ich nach den ersten 25 Seiten auch überzeugt, Molecules hab ich halb durch und finds gut.
Die anderen drei kann ich noch nicht beurteilen, aber vielversprechend...
Montag, 11. August 2008
Show-off (international version)
Für den wöchentlichen Nematoden wirds diese Woche wieder eng... Aus Zeitmangel nur ein kleine persönliche Mitteilung: Ich werde in Paris das zehnte Europäische Mulikolloquium der Parasitologie (EMOPX) besuchen und dort auch vortragen. Hier also mein abstract:
Ich bin der einzige aus den beiden Gruppen in Edinburgh und Karlsruhe, der die Tagung besucht. Als ich das Abstract geschrieben hab, hatte ich eigentlich das Ziel einen Vortrag zu halten (Vortrag oder Poster wurde von einem Kommittee entschieden), deshalb habe ich den Text sehr in Richtung Ergebnisse ausgelegt, nicht zu sehr auf mein frisch begonnenes Project, von dem ich leider noch keine Ergebnisse zeigen kann...
Nun habe ich einige Problemchen: (a)Die Ergebnisse im "Morphological divergence" Teil wurden in Karlsruhe erzielt bevor ich dort mitgearbeitet habe. Ich bin zwar mit den Daten vertraut, kann das ganze aber unmöglich als meine Arbeit verkaufen. (b)An den Kreuzinfektionen für den Virulenz-Teil arbeite ich mit, sie sind aber Hauptbestandteil einer anderen Dissertation. (c) Mein gerade begonnenes Projekt ist viel spannender! (d) Der Vortrag darf nur zehn Minuten dauern.
Mir muss also irgendwie innerhalb dieser Zeit der Spagat gelingen die im Abstract versprochenen Ergebnisse zu präsentieren, aber auch viel Gewicht auf die Vorstellung meines Dissertations-Projekts zu legen.
Hier ist meine Präsentation:
Problem: Zu viele Folien, da müssen noch 2 Folien raus um in der Zeit bleiben zu können...
Für Vorschläge bin ich dankbar!
Divergence between East Asian and European populations of the swimbladder-nematode Anguillicola crassus
Heitlinger, E. 1, Weclawski, U.1, Taraschewski H.1, Münderle, M.1, Klar, B. 2, Han, Y., S.3,, Blaxter, M.4
1University of Karlsruhe, Zooligical Instiute I, Department of Ecology and Parasitology, Kornblumenstr. 13, 76131 Karlsruhe, Germany
2University of Karlsruhe, Institut für Mathematische Stochastik, 76128 Karlsruhe, Germany
3Institute of Fisheries Science, National Taiwan University, Taipei, Taiwan 106
4Institute of Evolutionary Biology, University of Edinburgh, Edinburgh, United Kingdom
Ich bin der einzige aus den beiden Gruppen in Edinburgh und Karlsruhe, der die Tagung besucht. Als ich das Abstract geschrieben hab, hatte ich eigentlich das Ziel einen Vortrag zu halten (Vortrag oder Poster wurde von einem Kommittee entschieden), deshalb habe ich den Text sehr in Richtung Ergebnisse ausgelegt, nicht zu sehr auf mein frisch begonnenes Project, von dem ich leider noch keine Ergebnisse zeigen kann...
Nun habe ich einige Problemchen: (a)Die Ergebnisse im "Morphological divergence" Teil wurden in Karlsruhe erzielt bevor ich dort mitgearbeitet habe. Ich bin zwar mit den Daten vertraut, kann das ganze aber unmöglich als meine Arbeit verkaufen. (b)An den Kreuzinfektionen für den Virulenz-Teil arbeite ich mit, sie sind aber Hauptbestandteil einer anderen Dissertation. (c) Mein gerade begonnenes Projekt ist viel spannender! (d) Der Vortrag darf nur zehn Minuten dauern.
Mir muss also irgendwie innerhalb dieser Zeit der Spagat gelingen die im Abstract versprochenen Ergebnisse zu präsentieren, aber auch viel Gewicht auf die Vorstellung meines Dissertations-Projekts zu legen.
Hier ist meine Präsentation:
Problem: Zu viele Folien, da müssen noch 2 Folien raus um in der Zeit bleiben zu können...
Für Vorschläge bin ich dankbar!
Freitag, 4. Juli 2008
I created a monster
Eigentlich wollte ich ja den Vortrag, den ich gestern in unserem Doktorandenseminar über mein Projekt gehalten hab filmen und das Video auf den Blog stellen. Leider hab ich mich dann nicht getraut vor den etwa 40 Zuhörern mein Handy zum Filmen in Position zu bringen...
Deshalb versuche ich die Präsentation einzubinden, ich hoffe das klappt...
Die Folie, die die Interpretation der Ergebnisse der SAGE erklärt enthält ne Animation, die Schrift liegt jetzt leider einfach übereinander.
Quiz: Wie sind die unterschiedlichen (idealisierten) Expressionsmuster interpretierbar?
Ich bereite gerade einen längeren Grundlagen-Post über (ultra-)Darwinismus/ Adaptionismus vor. Bislang existiert dieser Post zwar nur meinem Kopf, ich hoffe aber in diesem anhand meines Projekts die Grundzüge der Diskussion darstellen zu können. Dadurch sollte dann auch mein Projekt klarer werden...
Deshalb versuche ich die Präsentation einzubinden, ich hoffe das klappt...
Die Folie, die die Interpretation der Ergebnisse der SAGE erklärt enthält ne Animation, die Schrift liegt jetzt leider einfach übereinander.
Quiz: Wie sind die unterschiedlichen (idealisierten) Expressionsmuster interpretierbar?
Ich bereite gerade einen längeren Grundlagen-Post über (ultra-)Darwinismus/ Adaptionismus vor. Bislang existiert dieser Post zwar nur meinem Kopf, ich hoffe aber in diesem anhand meines Projekts die Grundzüge der Diskussion darstellen zu können. Dadurch sollte dann auch mein Projekt klarer werden...
Samstag, 7. Juni 2008
Hallo...
...erstmal! Für den (mindestens einen) Leser dieses neugeborenen Blogs erstmal ein paar allgemeine Infos:
Ich will diese Plattform in erster Linie nutzen um über Paper (peer-reviewed) zu schreibe. Dies soll mich dann dazu zwingen einige Veröffentlichungen, die ich für interessant halte, wirklich richtig genau zu lesen. Solchen Posts werde ich, um im Schema des Blogtitels zu bleiben, das Label BENEFICIAL verpassen.
Das Label NEUTRAL wird alles erhalten, was nur bedingt interessant für den naturwissenschaftlich interessierten Leser ist, wie z.B. Organisatorisches (dieser Post).
Mit DELETERIOUS werde ich alles labeln, was absolut überhaupt nichts mit Wisssenschaft zu tun hat und mich und den Leser von der Arbeit abhält.
In den nächsten Monaten werde ich hier auch verstärkt über meine Arbeit an der Uni Karlsruhe und an der University of Edinburgh schreiben, da ich gerade am Anfang meiner Doktorarbeit stehe und immernoch (vielleicht lässt das auch nie nach) Spass daran habe über mein Projekt zu reden. Ich muss zugeben, dass ich auch immernoch unglaublich stolz bin von der VW-Stiftung für ein Projekt gefördert zu werden, das ich mir zum Großteil selbst ausgedacht habe, hoffe aber, dass die entsprechenden Posts nicht zu sehr in Angeberei ausarten.
Außeredem möchte ich kleine praktische Tips im Umgang mit meinem Versuchsorganismus Anguillicola crassus hier veröffentlichen, die zu unbedeutend für eine Publikation sind, aber für eine winzige Gruppe von anderen Wissenschaftlern möglicherweise interessant sein könnten. Ein erster solcher Post könnte möglicherweise die Kultur des Zwischenwirtes (Süßwasser-Copepoden) betreffen... wenn sich die Tierchen denn mal endlich vermehren...
For a start most of the posts will be published in german language. If I will attract readers in my new scottish habitat, this will change!
Viel Spass beim Lesen! Cheers!
Ich will diese Plattform in erster Linie nutzen um über Paper (peer-reviewed) zu schreibe. Dies soll mich dann dazu zwingen einige Veröffentlichungen, die ich für interessant halte, wirklich richtig genau zu lesen. Solchen Posts werde ich, um im Schema des Blogtitels zu bleiben, das Label BENEFICIAL verpassen.
Das Label NEUTRAL wird alles erhalten, was nur bedingt interessant für den naturwissenschaftlich interessierten Leser ist, wie z.B. Organisatorisches (dieser Post).
Mit DELETERIOUS werde ich alles labeln, was absolut überhaupt nichts mit Wisssenschaft zu tun hat und mich und den Leser von der Arbeit abhält.
In den nächsten Monaten werde ich hier auch verstärkt über meine Arbeit an der Uni Karlsruhe und an der University of Edinburgh schreiben, da ich gerade am Anfang meiner Doktorarbeit stehe und immernoch (vielleicht lässt das auch nie nach) Spass daran habe über mein Projekt zu reden. Ich muss zugeben, dass ich auch immernoch unglaublich stolz bin von der VW-Stiftung für ein Projekt gefördert zu werden, das ich mir zum Großteil selbst ausgedacht habe, hoffe aber, dass die entsprechenden Posts nicht zu sehr in Angeberei ausarten.
Außeredem möchte ich kleine praktische Tips im Umgang mit meinem Versuchsorganismus Anguillicola crassus hier veröffentlichen, die zu unbedeutend für eine Publikation sind, aber für eine winzige Gruppe von anderen Wissenschaftlern möglicherweise interessant sein könnten. Ein erster solcher Post könnte möglicherweise die Kultur des Zwischenwirtes (Süßwasser-Copepoden) betreffen... wenn sich die Tierchen denn mal endlich vermehren...
For a start most of the posts will be published in german language. If I will attract readers in my new scottish habitat, this will change!
Viel Spass beim Lesen! Cheers!
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