A mere heart of silicon

An Darwins 200. Geburtstag vor zwei Tagen fand ich keine Zeit zu bloggen. Hier eine Erklärung dafür.
Der Titel dieses etwas verspäteten Posts, ist eine Anspielung auf das Darwins Zitat "A scientific man ought to have no wishes, no affections, -- a mere heart of stone."Das "silicon" steht für meine kürzlich entdeckte Liebe zur Bioinformatik und statistischen Datenverarbeitung.

Ich fühle mich im Moment etwas wie der Primat in 2001: A Space Odyssey, nur weniger aggressiv.



Es hat schon etwas wenn man die Herstellung von Werkzeug entdeckt, im Gegensatz zu Kubricks Primaten werde ich meine Werkzeuge Perl und R aber eher einsetzen um zu versehen, weniger um Einfluss auf meine Umwelt zu nehmen.
Besonders Perl ist dabei unglaublich nützlich. Ich empfehle jedem, der viele (schwierig das näher zu definieren) Sequenzen in seiner Arbeit anschaut sich damit zu beschäftigen. In der zweiten Wochen kann man bereits scripte schreiben, die einem die Arbeit erleichtern. Perl schreibt zum Beispiel für mich mein Laborbuch. Einfach ELKE.pl (Emanuel's Labwork Kalculating Environment) starten und die Rektionen berechnen, es entsteht Laborbuch-gerechter Output auf der Festplatt und auf Papier (zugegeben das funktioniert nur, da ich sehr repetitive Laborarbeit mache) .

Im Moment fasziniert mich auch die Hochdurchsatz-Transkriptom-Sequenzierung an sich. Aus mehreren Gründen:
Beim Annotieren der Transkripte benutzt man sogenannten Blast-Suchen, die man automatisiert mit selbst geschriebenen Perl-Programmen durchführt und auswertet. Dabei vergleicht man seine unbekannten Sequenzen mit einer Datenbank bekannter Sequenzen. Solange keine Sequenzen des eigenen Untersuchungsobjekts bekannt sind stammen diese hauptsächlich von verwandten Organismen.
Auf diese Art passiert folgendes: In der oft tausende Zeilen umfassenden Ausgabe seiner Programme findet man unzählige Namen von interessanten Tieren und Genen, die man vorher noch nicht kannte.

Dazu kommt dann auch noch das Gefühl, dass man Neuland betritt, dass man etwas sieht, was noch nie zuvor jemand gesehen hat. Das ist faszinierend: Auch wenn es nur Gene aus einem Wurm der in der Schwimmblase des Aals lebt sind.

Eigentlich wollte ich etwas mehr über Statistik und quantitative Methoden schreiben, stattdessen hab ich den bislang wahrscheinlich "wildesten" Post des Blogs verzapft: Von Darwin über Kubrick, Statistik, Programmieren und Blast bis zum Aal, das muss mir erst mal jemand nachmachen.

Zwei große deutsche Wissenschaftler, ein schlechtes Buch

Meinen wohlverdienten Urlaub zur Jahreswende habe ich nicht nur genutzt um mich am Strand mit molekularer Evolution zu beschäftigen. Auch fiktive Literatur habe ich in meinem Rucksack durch Malaysia und Thailand getragen: "Die Vermessung der Welt" von Daniel Kehlmann.

Das möchte ich zum Anlass nehmen um mal etwas von meinen eigentlichen Themenschwerpunkten abzuweichen.

Leider war der Roman eine Enttäuschung. Kehlmann beschreibt darin das Leben des Mathematikers Carl Friedrich Gauß und der Brüder Humboldt. Ich hatte mir erhofft von einem historischen Roman mit wissenschaftlichem Hintergrund gut unterhalten zu werden und nebenbei etwas lernen.

Man kann Kehlmann zugute halten, dass gleich zu Anfang des Buches klar macht, dass er nicht wirklich die historischen Persönlichkeiten interessiert ist: Er lässt Gauss sagen, in 200 Jahren werde nur sein Werk übrig sein, jeder Einfallspinsel könne sich dann aber Unfug über ihn ausdenken. Und das macht er dann auch fleißig.
Einige Fehler und Ungenauigkeiten später ist man dann genügend gewarnt und der Informationsgehalt des Buches geht daher gegen Null. Für mich als Biologen war der offensichtlichste Patzer dass Quallen, die bei Alexander von Humbolds Reise um das Schiff trieben als "Mollusken" bezeichnet wurden. "Medusen" hätte literarisch mindestens genauso gut geklungen, wäre aber korrekt gewesen.

Da all das ständig daran zweifeln lässt, wo ordentliche Recherche aufhört und Dichtung anfängt bleiben nach dem Lesen mehr Fragen als Erkenntnisgewinn.
Stimmt die kleine Geschichte von Immanuel Kants Altersdemenz? War Alexander von Humboldt am Ende seines Lebens wirklich ein aktiver Gegner der Evolutionstheorie (Er starb 1859, also kannte er "den Origin" in jedem Fall nicht, Darwin erwähnt Humboldt sehr oft als großen Forscher, es scheint mir daher auch unwahrscheinlich, dass er keinen Kontakt mit Darwin hatte), usw... ?
Doch all diese Schwächen würden das Buch noch nicht schlecht machen. Was mich wirklich gestört hat und auch der Grund ist warum ich diese Kritik hier schreibe ist Folgendes:

Am Ende bleibt das Gefühl beide Wissenschaftler wären gescheitert. Als hätten sie durch die Erkundung der Welt ihr eigenes Leben aus den Augen verloren. Als wäre ihre Suche nach Wissen irgendwie verfehlt gewesen und hätte niemanden wirklich weiter gebracht. Des bringt meiner Meinung nach Ignoranz gegenüber empirischer Arbeit und Arroganz gegenüber Wissenschaftlern zum Ausdruck.

Ich selbst hätte mir eher vor Ort "The Malay Archipelago" von Alfred Russel Wallace kaufen und passend zu meinem Reiseziel lesen sollen (In Kuala-Lumpur gibt es sehr gute Buchhandlungen!).

God is good, God is great, God's a big invertebrate!

Etwas lustiges zum Start ins neue Jahr. Die inoffizielle Hymne des Sequenzier-Service der University of Edinburgh von der Irish-Folk-Band "Boiled in Lead".

"Dive in the Genepool down you swim"

Vergesst einfach das Video, auf den Text kommt es an, den gibt es auch nochmal zum nachlesen:


In April when your barge sailed through
I fell in love with you
Alas my paramour alack
A stranger to me 'til the test comes back

Chorus:
Oh the micro-organism
Oh the micro-organism

Dive in the gene pool down you swim
Down to where the light grows thin
Flail little fishies flail if you can
But avoid the micro-organism man

Chorus

Caffeine sugar and THC
Is all that the doctors are gonna find in me
When they do the autopsy
The micro-organism won't get me

Chorus

God is good and God is great
God's a big invertebrate
God made the river change its route
But he won't pull the micro-organism out

Chorus

The cowslips bloom and the bluebells too
Here's advice I'll give to you
Rattle your sword before you strike
And never kiss anyone you like

Chorus

No comment

A moveable feast

Paris war der Hammer! Über die wissenschaftlichen Anregungen werde ich in Kürze schreiben!


Das war das Tagungsgebäude...


Nach den ersten vier Paris-Tagen hab ich mir allerdings noch ein paar Tage Urlaub gegönnt.

Synonyme Gen-Namen

Heute hat das Programm TaxMan bei mir für unerwartete Heiterkeit gesorgt (ich könnte mich jetzt noch wegschmeißen vor Lachen). Man kann das Programm dazu nutzen Sequenz-Datensätze von GenBank herunterzuladen. Im Laufe dieses Prozesses lässt man sich zu aus einem von Hand heruntergeladenen Datensatz Synonyme für Gen-Namen ausgeben, die man dann in einer config Datei speichert um eben z.B. nicht nur "SSU rRNA" sondern auch "small subunit ribosomal RNA" und alle möglichen Namenskombis beim später automatisierten Prozess zu erwischen.

Hier die Ausgabe die ich dabei heute Mittag bestaunen durfte:
[...]
The gene name small subinut ribosomal RNA was found 13 times
[...]

Ich schmeiss mich weg: Subinut, SUBINUT, SUBINUT

Find nur ich das so lustig? Setzt mein Hirn grad (wegen Überforderung) aus?
Zu verdanken hab ich das ganze Min Hu , Stefano D'Amelio, Xingquan Zhu, Lia Paggi und Robin Gasser die die 14 Sequenzen 2001 im Rahmen ihres Papers "Mutation scanning for sequence variation in three mitochondrial DNA regions for members of the Contracaecum osculatum (Nematoda: Ascaridoidea) complex." hochgeladen haben.

Sanke dehr!

Hoffentlich sind die Sequenzen selbst akkurater...

192 mal daneben

Ich hab mich wohl etwas zu sehr gefreut, dass bisher hier alles so gut lief. Fast hab ich schon daran gezweifelt, dass Molekularbiologie langwierig und schwierig ist.
Eben hatte ich auf dem Gel (nee zwei Gelen) auf die ich DNA aus 192 Kolonie-PCRs aufgetragen hab keine einzige Bande.


Von der Sorte hab ich noch eins :-(

Ich hoff das liegt an der PCR und nicht daran dass die Kolonien nix waren...
Erster Verdacht: Ich hab das Template (also die Zellen) vergessen, wär gut möglich, dass ich nur den Mastermix verteilt hab...

Das Nachzählen der kleinen Spitzen im Abfall verstärkt diesen Verdacht.
Zum Glück hab ich hier noch keine Freunde, die mich vom Arbeiten abhalten, jetzt mach ich eben nochmal acht PCRs in denen garantiert n paar E. coli schwimmen.

Ich will die verdammten Pilot-ESTs am Dienstag! Ich will!

Meine cDNA ist okay sagt diese Kollegen:



Die Kolonien sind auch schön gewachsen und waren nicht im Enferntesten blau.

Jetzt hab ich auf jeden Fall was zu tun am Wochenende...


Und meine Pipetten kann ich in den Zwischenzeiten schon der Größe nach sortieren... neee doch lieber andersherum...

Unsichtbare Pellets...

...und multiple Allignments haben mich über zwei Wochen vom Posten abgehalten!

Ich bin am 7.7. in Edinburgh angekommen und hatte etwas wenig Zeit, da ich mich hier erstmal akklimatisieren musste. Im Klartext heißt das, dass ich hier zum ersten mal seit fast zwei Jahren wieder mit molekularbiologischen Methoden arbeite und zum ersten mal überhaupt Sequenzdaten am Computer analysiere.

Wirklich überrascht bin ich davon, wie gut und reibungslos hier im Labor einfach alles funktioniert. Das liegt wahrscheinlich auch an dem Top-Equipment hier, ich werd in den nächsten Tagen noch Labor-Bilder posten...

Um mal zu zeigen, warum Edinburgh trotz des Wetters sehr schön und ne Reise wert ist, hier erst mal n paar Wochenend-Bilder...

Edinburgh ab 07.07.08