Ab sofort gibt es alle meine Posts in deutscher Sprache auf dem Blog Alles-was-lebt.
Die Populationsgenetik-Serie wird dort fortgesetzt!
Hier auf Selective Sweep werde ich weiter auf Englisch schreiben, falls ich dazu komme.
Posts mit dem Label Organisatorisches werden angezeigt. Alle Posts anzeigen
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Freitag, 6. März 2009
Sonntag, 30. November 2008
Google und die deutsche Evolutionsbiolgie
Zu meinem großen Erstaunen konnte ich eben feststellen, dass ich für den Suchbegriff
den Top-Hit von insgesamt 4010 Treffern auf Google habe. Die äquivalente Englischsprachige Suche ergibt 31300 Treffer mit einem Wikipedia-Eintrag an erster Stelle.
Sehr beunruhigend ist, dass kreationistische Texte wie das deutschen Intelligent-Design Lehrbuch "Evolution, ein kritisches Lehrbuch" von Reinhard Junker und Siegfried Scherer und eine positive Rezension zu diesem, zwei der ersten zehn Plätze einnehmen. Ein dritter Platz unter den ersten zehn bei dieser Suche geht an www.kritische-naturgeschichte.de, eine wissenschaftsfeindliche deutsche Seite, die - scheinbar ideologisch unabhängig - versucht die wissenschaftliche Methode als unanwendbar in der Biologie darzustellen.
Nach der ersten Freude über die Google-Suche, bin mir meiner Verantwortung bewusst, die "Fackel der Aufklärung" im deutschsprachigen Raum hochzuhalten.
Die nahezu neutrale Theorie der molekularen Evolution
den Top-Hit von insgesamt 4010 Treffern auf Google habe. Die äquivalente Englischsprachige Suche ergibt 31300 Treffer mit einem Wikipedia-Eintrag an erster Stelle.
Sehr beunruhigend ist, dass kreationistische Texte wie das deutschen Intelligent-Design Lehrbuch "Evolution, ein kritisches Lehrbuch" von Reinhard Junker und Siegfried Scherer und eine positive Rezension zu diesem, zwei der ersten zehn Plätze einnehmen. Ein dritter Platz unter den ersten zehn bei dieser Suche geht an www.kritische-naturgeschichte.de, eine wissenschaftsfeindliche deutsche Seite, die - scheinbar ideologisch unabhängig - versucht die wissenschaftliche Methode als unanwendbar in der Biologie darzustellen.
Nach der ersten Freude über die Google-Suche, bin mir meiner Verantwortung bewusst, die "Fackel der Aufklärung" im deutschsprachigen Raum hochzuhalten.
Populationsgenetik Serie: Organisatorisches
Ich werde hier in den nächsten Wochen und Monaten hauptsächlich über Populationsgenetik schreiben. Die betreffenden Posts tragen das entsprechende Label. Meine Motivation und meine generellen Hauptquellen dazu beschreibe ich in diesem Eröffnungspost.
Die Posts werden sich in vier Kategorien gliedern:
Gleiches gilt für Grafiken, die in geschweiften Klammern beschriftet werden z.B. {2}.
Grafiken werden von mir selbst mit Hilfe von R erstellt. Am Ende von Post, die mehr oder weniger aufwändige Plots enthalten wird der Leser einen Link zu einem funktionierenden R-script finden. Der Text aus diesen Google-Docs kann in einen Texteditor kopiert, modifiziert und danach in R zum erstellen eigener Grafiken benutzt werden.
Ich möchte dem interessierten Leser so die Möglichkeit geben selbst etwas mit den Formeln zu spielen und gleichzeitig -mit mir zusammen- einen Einstieg in R zu finden.
Ein Einführung in Populationsgenetik mit Hilfe von R - Eine Einführung in R mit Hilfe von Populationsgenetik.
Viel Spass!
Die Populationsgenetik Serie zieht um! Da die Beiträge untereinander sehr stark verknüpft sind und die Serie andernorts fortgesetzt wird, werde ich alle Posts der Serie in den nächsten Tagen auf den neuen Blog Alles was lebt bringen.
Die Posts werden sich in vier Kategorien gliedern:
- Grundlagen [Beispiel]
- Kernkonzepte, Modelle und Theorien [Beispiel]
- Paperdiskussion [Beispiel]
- Nebensächliches [Beispiel]
Gleiches gilt für Grafiken, die in geschweiften Klammern beschriftet werden z.B. {2}.
Grafiken werden von mir selbst mit Hilfe von R erstellt. Am Ende von Post, die mehr oder weniger aufwändige Plots enthalten wird der Leser einen Link zu einem funktionierenden R-script finden. Der Text aus diesen Google-Docs kann in einen Texteditor kopiert, modifiziert und danach in R zum erstellen eigener Grafiken benutzt werden.
Ich möchte dem interessierten Leser so die Möglichkeit geben selbst etwas mit den Formeln zu spielen und gleichzeitig -mit mir zusammen- einen Einstieg in R zu finden.
Ein Einführung in Populationsgenetik mit Hilfe von R - Eine Einführung in R mit Hilfe von Populationsgenetik.
Viel Spass!
Die Populationsgenetik Serie zieht um! Da die Beiträge untereinander sehr stark verknüpft sind und die Serie andernorts fortgesetzt wird, werde ich alle Posts der Serie in den nächsten Tagen auf den neuen Blog Alles was lebt bringen.
Dienstag, 25. November 2008
Populationsgenetik, Now!
Meine Serie
Dies ist ein Beitrag in einer Reihe von Posts zu Populations- und quantitativer Genetik. Es gibt im deutschsprachigen Raum meines Wissens kein Lehrbuch zu diesem Thema. Dies ist wohl eine der Folgen des zu niedrigen Stellenwertes der Evolutionsbiologie an deutschen Hochschulen, wie ihn auch der VBIO beklagt.
Eine anderer möglicher Grund für die fehlende "quantitative Tradition" in der deutschen Evolutionsbiologie ist vielleicht auch, dass der bekannteste deutschsprachige Vertreter dieser Disziplin, Ernst Mayr nicht mit mathematischen Modellen arbeitete.
Die Posts dieser Reihe werde ich hauptsächlich mit Hilfe der Bücher "Principles of population genetics" von Daniel L Hartl und Andrew G. Clark, "Quantitative genetics" von Douglas S. Falconer und Trudy F.C. Mackay schreiben. Außerdem habe ich in den letzten Monaten eine Vorlesung bei Brian Charlsworth und Peter Keightley besucht, die Skripte und Aufzeichnungen aus diesen werde ich ebenfalls konsultieren.
Trotzdem werden die Posts natürlich nur einen winzigen Einblick in das große Feld verschaffen und sicher auch Fehler enthalten.
Warum sollte man sich gerade jetzt mit Populationgenetik beschäftigen?
In einem interessanten Post auf dem Fischblog beschreibt Godwael den großen zu erwartenden Erkenntnisgewinn aus der Sequenzierung hunderter kompletter menschlicher Genome. Dabei ist mir aufgefallen, dass die theoretischen Grundlagen der Populationsgenetik im deutschsprachigen Raum wohl eher unbekannt sind.
Wie breiten sich Mutationen aus? Wie ausgeprägt sind die Einflüsse von Migration, Drift und Selektion? All diese Fragestellungen müssen nicht anhand der an kompletten Genomsequenzen gewonnenen Daten untersucht werden, sondern es existiert eine unglaubliche Fülle an Modellen, die das das Zusammenspiel dieser Faktoren testen. Natürlich ist nicht auszuschließen, dass auch neue Modele entwickelt werden müssen, das Gros der neu gewonnenen Daten passt aber zu den bestehenden Erklärungsansätzen.
Welchen Nutzen ziehen Evolutionsbiologen also aus den neu gewonnenen Genom-Daten?
Einer der Hauptnutzen besteht darin, dass sie die Suche nach den am besten passenden Modellen für bislang ununtersuchte Genombereiche erlauben. Evolviert ein Bereich des Genoms dann anders als man es unter einem bestimmten Modell erwarten würde, ist die Verwendung eines anderen Modells mit veränderten Ausgangs-Annahmen nötig. Hat man dann ein Modell gefunden das die Daten anhand der der sparsamsten Parameter (Occam's Razor) bestmöglich beschreibt generiert dies wiederum neue Hypothesen.
Beispielsweise könnte es notwendig werden über historisch noch unbekannte Migrationsbewegungen menschlicher Populationen nachzudenken oder Selektion auf einen Bereich des Genoms in Betracht zu ziehen der zuvor als neutral galt. Je nachdem was die Modelle nahelegen können so beispielsweise Hypothesen für Historiker, Zellbiologen oder Biochemiker generiert werden. Die Fähigkeit der entsprechenden Wissenschaftler diese Implikationen der Evolutionsbiologie für ihr Forschungsfeld zu verstehen wird in einigen Beriechen sicher Entdeckungen fördern. Es ist also für viele Wissenschaftler ratsam sich in nächster Zeit etwas mit theoretischer Evolutionsbiologie zu beschäftigen.
Dies ist ein Beitrag in einer Reihe von Posts zu Populations- und quantitativer Genetik. Es gibt im deutschsprachigen Raum meines Wissens kein Lehrbuch zu diesem Thema. Dies ist wohl eine der Folgen des zu niedrigen Stellenwertes der Evolutionsbiologie an deutschen Hochschulen, wie ihn auch der VBIO beklagt.
Eine anderer möglicher Grund für die fehlende "quantitative Tradition" in der deutschen Evolutionsbiologie ist vielleicht auch, dass der bekannteste deutschsprachige Vertreter dieser Disziplin, Ernst Mayr nicht mit mathematischen Modellen arbeitete.
Die Posts dieser Reihe werde ich hauptsächlich mit Hilfe der Bücher "Principles of population genetics" von Daniel L Hartl und Andrew G. Clark, "Quantitative genetics" von Douglas S. Falconer und Trudy F.C. Mackay schreiben. Außerdem habe ich in den letzten Monaten eine Vorlesung bei Brian Charlsworth und Peter Keightley besucht, die Skripte und Aufzeichnungen aus diesen werde ich ebenfalls konsultieren.
Trotzdem werden die Posts natürlich nur einen winzigen Einblick in das große Feld verschaffen und sicher auch Fehler enthalten.
Warum sollte man sich gerade jetzt mit Populationgenetik beschäftigen?
In einem interessanten Post auf dem Fischblog beschreibt Godwael den großen zu erwartenden Erkenntnisgewinn aus der Sequenzierung hunderter kompletter menschlicher Genome. Dabei ist mir aufgefallen, dass die theoretischen Grundlagen der Populationsgenetik im deutschsprachigen Raum wohl eher unbekannt sind.
Wie breiten sich Mutationen aus? Wie ausgeprägt sind die Einflüsse von Migration, Drift und Selektion? All diese Fragestellungen müssen nicht anhand der an kompletten Genomsequenzen gewonnenen Daten untersucht werden, sondern es existiert eine unglaubliche Fülle an Modellen, die das das Zusammenspiel dieser Faktoren testen. Natürlich ist nicht auszuschließen, dass auch neue Modele entwickelt werden müssen, das Gros der neu gewonnenen Daten passt aber zu den bestehenden Erklärungsansätzen.
Welchen Nutzen ziehen Evolutionsbiologen also aus den neu gewonnenen Genom-Daten?
Einer der Hauptnutzen besteht darin, dass sie die Suche nach den am besten passenden Modellen für bislang ununtersuchte Genombereiche erlauben. Evolviert ein Bereich des Genoms dann anders als man es unter einem bestimmten Modell erwarten würde, ist die Verwendung eines anderen Modells mit veränderten Ausgangs-Annahmen nötig. Hat man dann ein Modell gefunden das die Daten anhand der der sparsamsten Parameter (Occam's Razor) bestmöglich beschreibt generiert dies wiederum neue Hypothesen.
Beispielsweise könnte es notwendig werden über historisch noch unbekannte Migrationsbewegungen menschlicher Populationen nachzudenken oder Selektion auf einen Bereich des Genoms in Betracht zu ziehen der zuvor als neutral galt. Je nachdem was die Modelle nahelegen können so beispielsweise Hypothesen für Historiker, Zellbiologen oder Biochemiker generiert werden. Die Fähigkeit der entsprechenden Wissenschaftler diese Implikationen der Evolutionsbiologie für ihr Forschungsfeld zu verstehen wird in einigen Beriechen sicher Entdeckungen fördern. Es ist also für viele Wissenschaftler ratsam sich in nächster Zeit etwas mit theoretischer Evolutionsbiologie zu beschäftigen.
Samstag, 8. November 2008
Das Volk hat gesprochen!
Ich beuge mich einer eindeutigen 2/3 Mehrheit und werde weiterhin auf Deutsch, Englisch und Denglisch bloggen! Sobald ich wieder dazu komme...
Mittwoch, 29. Oktober 2008
Promoting Science-Blogging!
Ich werde Ende Februar am "VW Foundation Evolutionary Biology Status Symposium" in Muenster teilnehmen.
Es gibt die Moeglichkeit Diskussionsgruppen (auch ausserhalb streng wissenschaftlicher Themenbereiche) vorzuschlagen, als habe ich eben an die Organisatoren geschrieben:
Mal gespannt wie der Vorschlag ankommt. Das ganze boete natuerlich die Moeglichkeit zu schamloser Eigenwerbung...
Es gibt die Moeglichkeit Diskussionsgruppen (auch ausserhalb streng wissenschaftlicher Themenbereiche) vorzuschlagen, als habe ich eben an die Organisatoren geschrieben:
I have registered for the symposium a few days ago. I just had an idea for a discussion group.
"Science 2.0: Blogging as a new way of science communication"All the best,
- A blog as a medium to publish your thoughts and for scientific discussion
- Examples of the English speaking science-blogging community
- Future directions, interaction with classical ways of science communication and publishing
Emanuel
Mal gespannt wie der Vorschlag ankommt. Das ganze boete natuerlich die Moeglichkeit zu schamloser Eigenwerbung...
Samstag, 7. Juni 2008
Hallo...
...erstmal! Für den (mindestens einen) Leser dieses neugeborenen Blogs erstmal ein paar allgemeine Infos:
Ich will diese Plattform in erster Linie nutzen um über Paper (peer-reviewed) zu schreibe. Dies soll mich dann dazu zwingen einige Veröffentlichungen, die ich für interessant halte, wirklich richtig genau zu lesen. Solchen Posts werde ich, um im Schema des Blogtitels zu bleiben, das Label BENEFICIAL verpassen.
Das Label NEUTRAL wird alles erhalten, was nur bedingt interessant für den naturwissenschaftlich interessierten Leser ist, wie z.B. Organisatorisches (dieser Post).
Mit DELETERIOUS werde ich alles labeln, was absolut überhaupt nichts mit Wisssenschaft zu tun hat und mich und den Leser von der Arbeit abhält.
In den nächsten Monaten werde ich hier auch verstärkt über meine Arbeit an der Uni Karlsruhe und an der University of Edinburgh schreiben, da ich gerade am Anfang meiner Doktorarbeit stehe und immernoch (vielleicht lässt das auch nie nach) Spass daran habe über mein Projekt zu reden. Ich muss zugeben, dass ich auch immernoch unglaublich stolz bin von der VW-Stiftung für ein Projekt gefördert zu werden, das ich mir zum Großteil selbst ausgedacht habe, hoffe aber, dass die entsprechenden Posts nicht zu sehr in Angeberei ausarten.
Außeredem möchte ich kleine praktische Tips im Umgang mit meinem Versuchsorganismus Anguillicola crassus hier veröffentlichen, die zu unbedeutend für eine Publikation sind, aber für eine winzige Gruppe von anderen Wissenschaftlern möglicherweise interessant sein könnten. Ein erster solcher Post könnte möglicherweise die Kultur des Zwischenwirtes (Süßwasser-Copepoden) betreffen... wenn sich die Tierchen denn mal endlich vermehren...
For a start most of the posts will be published in german language. If I will attract readers in my new scottish habitat, this will change!
Viel Spass beim Lesen! Cheers!
Ich will diese Plattform in erster Linie nutzen um über Paper (peer-reviewed) zu schreibe. Dies soll mich dann dazu zwingen einige Veröffentlichungen, die ich für interessant halte, wirklich richtig genau zu lesen. Solchen Posts werde ich, um im Schema des Blogtitels zu bleiben, das Label BENEFICIAL verpassen.
Das Label NEUTRAL wird alles erhalten, was nur bedingt interessant für den naturwissenschaftlich interessierten Leser ist, wie z.B. Organisatorisches (dieser Post).
Mit DELETERIOUS werde ich alles labeln, was absolut überhaupt nichts mit Wisssenschaft zu tun hat und mich und den Leser von der Arbeit abhält.
In den nächsten Monaten werde ich hier auch verstärkt über meine Arbeit an der Uni Karlsruhe und an der University of Edinburgh schreiben, da ich gerade am Anfang meiner Doktorarbeit stehe und immernoch (vielleicht lässt das auch nie nach) Spass daran habe über mein Projekt zu reden. Ich muss zugeben, dass ich auch immernoch unglaublich stolz bin von der VW-Stiftung für ein Projekt gefördert zu werden, das ich mir zum Großteil selbst ausgedacht habe, hoffe aber, dass die entsprechenden Posts nicht zu sehr in Angeberei ausarten.
Außeredem möchte ich kleine praktische Tips im Umgang mit meinem Versuchsorganismus Anguillicola crassus hier veröffentlichen, die zu unbedeutend für eine Publikation sind, aber für eine winzige Gruppe von anderen Wissenschaftlern möglicherweise interessant sein könnten. Ein erster solcher Post könnte möglicherweise die Kultur des Zwischenwirtes (Süßwasser-Copepoden) betreffen... wenn sich die Tierchen denn mal endlich vermehren...
For a start most of the posts will be published in german language. If I will attract readers in my new scottish habitat, this will change!
Viel Spass beim Lesen! Cheers!
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