Change of language, change of content

From now on this blog is about my adventures in bioinformatics and in the use of open source software:
The code is bash, perl, R -especially sweave/noweb-, LaTeX and my lovely, beastly OS editor`s (Gnu-Emacs) elisp.

I will publish code snippets and short comments in English language. You con read about the same and my other more biology focussed interests in German on Alles was lebt.
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Montag, 8. September 2008

Würmer in Paris: Compatibility polymorphism in snail/trematode interactions

ResearchBlogging.orgChristoph Grunau und Emmanuel Roger gaben die für mich beeindruckenste Präsentation der gesamten Konferenz. Sie stellten Ergebnissen aus ihrem Labor in Perpignan zu Untersuchungen an der Interaktion von Biomphalaria glabrata und Schistosoma mansoni vor.

Die Interaktion von Trematoden und Schnecken beruht (nach der aktuellen Hypothese) darauf, dass das sich zur Muttersporocyste entwickelnde Miracidium des Parasiten den Wirt entweder aktiv in seiner Immunantwort beeinflusst, oder aber durch ein Mimikry von Wirtsepitopen vom Immunsystem unerkannt bleibt. Letzteres ist bei B. glabrata und S. mansoni der Fall.

Während bei einer Beeinflussung/Unterdrückung des Immunsystems in anderen Wirt/Parasit-Systemen generell von anfälligen und resistenten Wirten gesprochen werden kann, ist die Interaktion beim Mimikry von Wirtsepitopen komplizierter:

Die selbe Parasiten-Linie ist unterschiedlich kompatibel mit künstlich auf Resistenz oder Anfälligkeit selektierten Schnecken-Linien (Soweit wäre das natürlich auch durch bloße Resistenz der Schnecke erklärbar). Werden aber anderer Schnecken-Linien mit einer anderen Parasiten-Linie selektiert ist die in dieser künstlichen Co-Evolution resistente Schneckenlinie anfällig für die Parasiten-Linie aus der ersten Selektion. Ein schönes Schaubild dazu (Fig.3) kann man sich in diesem Paper anschauen, wenn man Zugriff hat.

Die Versuche der Gruppe zur Identifizierung der molekularen Grundlage dieser Interaktion wurden nun mit einem zu einer brasilianischen Schnecken-Linie kompatiblen Stamm von S. mansoni und einem inkompatiblen Stamm durchgeführt (Zur Vermehrung des inkompatiblen Stamms stand eine andere Schneckenlinie zur Verfügung).

Verwendet wurde ein proteomischer Ansatz (2D Gele) und es konnten sogenannte Schistosoma mansoni polymorphic mucin-like proteins (Sm PoMuc) als Hauptverdächtige identifiziert werden.

Mucine oder Mucin-ähnliche Proteine sind im Schleim (Mucus) vieler Organismen enthalten. Solcher Mucus wird oft von als Reaktion auf eine Infektion produziert, und kann dazu dienen Parasiten zu bekämpfen. Andererseits sekretieren Parasiten aber auch Mucin-ähnliche Moleküle um die Wirtsabwehr zu täuschen.

In Sm PoMucs werden fast ausschließlich in den in der Schnecke parasitierenden Stadien exprimiert. In den Miracidien werden sie in sogenannten Apicaldrüsen produziert und sekretiert. Möglicherweise kann sich der Parasit so in einem küstlichen Nebelschleier verbergen (im Deutschen klingt das schon fast poetisch; anders als das Englische "covered by a smoke screen").

Die Struktur der Sm PoMucs erwies sich als höchst polymorph. Gemeinsam haben alle Transkripte ein Signalpeptid (in Übereinstimmung mit der extrazellulären Lokalisation) gefolgt von einer Region bestehend aus einer variablen Anzahl von (3 leicht unterschiedlichen; r1, r1' und r2) 9-Aminosäuren-Repeats gefolgt von 3 leicht unterschiedlichen C-terminalen Regionen (1, 2, 3).
Eine unterschiedliche Kombination dieser Elemente kennzeichnet drei Gruppen von Sm PoMucs (die erste Gruppe und die zweite Gruppe haben nur r2 und unterschiedliche C-terminale Regionen 1 und 2; die dritte Gruppe hat R1' und R1 gefolgt von der C-terminalen Region 3).
Eine vierte Gruppe wiest eine wahrscheinlich durch alternatives Splicen noch stärker abweichende Sequenz auf.
Im Kompatiblen und inkompatiblen Parasiten-Stamm unterscheidet sich in allen drei Gruppen die Anzahl der Repeats. Codiert werden die drei Gruppen von jewels einem Gen. Die unterschiedliche Anzahl der Repeats entsteht ebenfalls durch alternatives splicen.

Besonders von Bedeutung ist weiterhin, das die Repeats Serin-, Threonin- und Prolin-reich sind, was als Zeichen für eine posttranslationale Glycolsylierung gilt.
So könnten möglicherweise speziell die unterschiedlich angefügten Zucker für die unterschiedlichen Eigenschaften der Moleküle in der Wirts-Parasit-Interaktion verantwortlich sein.

Für mich war der Vortrag deshalb so interessant, da er mir die Beschränkungen der in meinem Projekt verwendeten transkriptomischen Methoden vor Augen geführt hat:
Allein das Assembley der Repeats wäre aus 454-Pyrosequenz-Daten (bei der bisherigen read-Länge von 250 Basen) wahrscheinlich sehr schwierig bis unmöglich. Und selbst mit sehr viel längeren reads bräuchte man eine extrem hohe Coverage der betreffenden Regionen um ein solches Maß an Polymorphismus aufdecken zu können.
Außerdem interessant (und etwas beunruhigend, wenn man die Arbeit mit Proteinen nicht besonders mag) ist die Tatsache, dass ein wesentlicher Teil des Polymorphismus durch posttranslationale Modifikation entstehen kann. Generell neu und überraschend ist das natürlich nicht unbedingt, allerdings könnte es besonders im Co-Evolutions-Context eine gewaltige Rolle spielen.
Gerade in der Interaktion mit mehreren sympatrischen Wirtsarten könnten solche Mechanismen zu einer Evolution von Plastizität führen. Speziell diese Plastizität könnte als Gegenspieler von adaptiven Prozessen sympatrische, ökologische Artbildung von den an unterschiedliche Wirtsorganismen angepassten Parasiten-Stämmen verhindern.
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E ROGER, B GOURBAL, C GRUNAU, R PIERCE, R GALINIER, G MITTA (2008). Expression analysis of highly polymorphic mucin proteins (Sm PoMuc) from the parasite Schistosoma mansoni☆ Molecular and Biochemical Parasitology, 157 (2), 217-227 DOI: 10.1016/j.molbiopara.2007.11.015

Samstag, 6. September 2008

Würmer in Paris: Ist DNA-barcoding unfair?

Ein Großteil der Diskussion nach dem DNA-barcoding Symposium auf dem EMOP hatte anstatt der technischen Schwierigkeiten [1] leider eine andere Grundlage:

3. R. Guerrero stellte die Schwierigkeiten der Forscher aus "Schwellenländern" sich umfangreiche Sequenzierungen finanziell leisten zu können in den Vordergrund:
Dadurch würden gerade in diesen Ländern, in denen die Biodiversität am größten ist keine Fortschritte erzielt, während in den entwickelten Ländern, mit fast vollständig beschriebener Diversität nach kryptischen Arten gesucht wird.
Ganz von der Hand zu weißen sind diese Einwände wahrscheinlich nicht, da selbst wenn Sequenzierungen immer günstiger werden, das Anlegen von großen Datenbanken, die Morphologie (Museumsexemplare, Bilder, Videos), ökologische Parameter (Verbreitung) mit den Sequenzdaten verknüpfen immer noch teuer bleibt.

Andererseits: Kein Doktorrand wird sich dagegen sträuben im Rahmen seiner Dissertation in die Tropen zu reisen um umfangreiche Proben zu nehmen, die dann daheim sequenziert werden. Und auch der durchschnittliche Arbeitsgruppenleiter auf seinem speziellen Gebiet wird (sobald Hochdurchsatzsequenzierung mal wirklich nichts mehr kostet und weit verbreitet ist) den Vorteil und das Prestige erkennen den die Entdeckung hunderter "möglicher Arten" bietet.

[1] Davon gibt es (scheinbar?) genügend: Alleine F1000 listet 3 Paper, die von Problemen berichten (in Fällen, wo die intraspezifische Varianz die interspezifische überlappt) und 3 Paper die Erfolge beschreiben.
Zurzeit gibt es außerdem ein viel diskutiertes Paper über Probleme durch COI-Pseudogene im Kern...
...das ganze ist schwer zu beurteilen und natürlich spielen dabei die persönlichen Arbeitsweisen eine Rolle. Ein deutscher Evolutionsökolge meinte scherzhaft zu einem Kollegen, als ich ihn darauf ansprach dass ich gerne alle Aalparasiten barcoden würde: "Vorsicht, der will uns wegrationalisieren: Dann schmeisst er nur noch alles in nen Mixer und zählt Sequenzen..."

Würmer in Paris: Acoel Flatworms

2. Tim Littlewood brachte den besten Witz während eines Vortrags und schloss gleichzeitig eine Lücke in meinem Wissen über Phylogenie der Protostomier:

Er erwähnte, dass sehr viele lateinische Taxa-bezeichnungen in verschiedenen Sprachen völlig unterschiedlich ausgesprochen würden. So würde "Acoel" schon im deutschen und englischen etwas unterschiedlich ausgesprochen, die Franzosen sprächen es sogar "ashole" aus. Originalzitat: "but dont be a ashole (acoel) try to understand each other"...

Was hat es nun mit diesen (nicht-parasitischen) Würmern auf sich?

Wie man als halbwegs gebildeter Biologie (und erst recht als Zoologe im weitesten Sinne) wissen sollte hat die Phylogenie der Tiere in den letzen zehn Jahren [1] eine Revision erfahren [2]:

Dabei gibt es zwei große Kladen innerhalb der bilateralsymmetrischen Tiere, die Protostomier und die Deuterostomier (zu denen wir Vertebraten gehören).
Die Protostomier enthalten wiederum zwei Kladen: Eine die alle Tiere mit "sich häutenden" (moulting) Larvenstadien (Nematoden, Cheliceraten, etc.) umfasst und Ectysozoa genannt wird und eine zweite die Lophotrochozoa genannt wird.
Der Name Lophotrochozoa ist eine Neuschöpfung aus den Namen der beiden alten Kladen Trochozoa und Lophophorata.

Diese Lophotrochozoa enthalten neben den prominenten Mollusken und Anneliden auch die Platyhelminthen (hauptsächlich Trematoden und Cestoden für die Parasitologen). Dise alte Klade erwies sich aber eben auch als polyphyletisch und die "Acoel Flatworms" mussten ausgegliedert und an eine basale Position [3] als Schwestergruppe der übrigen Bilateria [4] gestellt werden.

Quellen im Text verlinkt!
Wobei ich jeweils zu der genererellen Revision [1+2] und den "Acoel Flatworms" [3+4] DAS klassische und ein neues Paper mit einer phylogenomischen Analyse verlinkt hab. (Phylogenomik bezieht sich hier auf die Analyse mehrerer (vieler) Genen aus großen EST-Datensätzen, nicht auf Jonathan Eisens Definition.)

Würmer in Paris: Orientation within host tissues

Ich fange heute an einen längeren Post über den in meinen Augen interessantesten Vortrag der EMOP zu schreiben, dazu wollen aber (mangels Mitschrieb) noch einige Paper gelesen werden.

Zuächst aber kurze Zusammenfassungen einiger anderer Vorträge und Diskussionen.

1. Wilfried Haas: ORIENTATION WITHIN HOST TISSUES: MECHANISMS OF PARASITE NAVIGATION

Im Labor von Prof. Haas in Erlangen konnte in den letzen Jahren durch in vivo Experimenten eine Wanderung von Trematoden (und mit in geringerem Umfang auch von Nematoden) entlang von chemischen Gradienten demonstriert werden. Alle getesteten Helminthen außer der Nematode Necator americanus wanderten dabei in Agar entlang von Gradienten des Wirtsplasmas. Die Gruppe demonstrierte dann durch eine Auftrennung des Wirtsplasmas und umfangreiche Tests, dass für die untersuchten Trematoden Arginin, Glucose und Mannose anziehend wirken, Glucosamin abstoßend. Der zweite Nematode Ancylostoma duodenale wanderte in Richtung anorganischer Ionen. Diese Ergebnisse machen durchaus evolutionsökologischen Sinn, da die Metacercarien von Trematoden, sobald sie in den Endwirt eingedrungen sind, empfindlich gegenüber Sauerstoff werden, und so sicherstellen müssen, dass sie in tiefere Gewebeschichten vordringen (wo Arginin , Glucose und Mannose vorkommen) und eine erneutes durchstoßen der Wirtshaut (in der Glucosamin vorkommt) vermeiden.
Ich kann hier trotzdem nicht auf die Veröffentlichungen der Gruppe verlinken, da die Ergebnisse der vorherrschenden Meinung widersprechen, dass Parasiten (inkl. Tremtoden) lediglich genetisch programmierten Wanderruten in der Leibeshöhle des Wirtes folgen.
So wurden laut Prof. Haas bisher alle Veröffentlichungen dieser Arbeiten vom wichtigsten Vertreter der vorherrschenden Lehrmeinung Prof. Michael V. K. Sukhdeo geblockt. Die Gründe dafür sind, dass ein in vivo System nicht als Grundlage für die Revision einer solch etablierten Lehrnmeinung anerkannt wird. Die Gruppe um Prof. Haas war die erste Gruppe weltweit der überhaupt die Demonstration des beschriebenen Phänomens gelang, da die Einstellung der Gradienten von sehr geringen Konzentrationen offenbar in sehr vielen Versuchen anderer Gruppen zuvor misslang.

Freitag, 5. September 2008

A moveable feast

Paris war der Hammer! Über die wissenschaftlichen Anregungen werde ich in Kürze schreiben!


Das war das Tagungsgebäude...


Nach den ersten vier Paris-Tagen hab ich mir allerdings noch ein paar Tage Urlaub gegönnt.

Montag, 25. August 2008

Show-off (international version) Update

Hier ist die endgültige Version meines Vortrags. Um 4 heute Nachmittag werd ich präsentieren!


Montag, 11. August 2008

Show-off (international version)

Für den wöchentlichen Nematoden wirds diese Woche wieder eng... Aus Zeitmangel nur ein kleine persönliche Mitteilung: Ich werde in Paris das zehnte Europäische Mulikolloquium der Parasitologie (EMOPX) besuchen und dort auch vortragen. Hier also mein abstract:

Divergence between East Asian and European populations of the swimbladder-nematode Anguillicola crassus

Heitlinger, E. 1, Weclawski, U.1, Taraschewski H.1, Münderle, M.1, Klar, B. 2, Han, Y., S.3,, Blaxter, M.4

1University of Karlsruhe, Zooligical Instiute I, Department of Ecology and Parasitology, Kornblumenstr. 13, 76131 Karlsruhe, Germany

2University of Karlsruhe, Institut für Mathematische Stochastik, 76128 Karlsruhe, Germany

3Institute of Fisheries Science, National Taiwan University, Taipei, Taiwan 106

4Institute of Evolutionary Biology, University of Edinburgh, Edinburgh, United Kingdom


Anguillicola crassus is an eel-specific swimbladder nematode naturally parasitizing Anguilla japonica in East Asia. From the early 1980s it has colonized not only almost all populations of the European eel Anguilla anguilla throughout the range of this novel host, but also the American eel A. rostrata in the 1990s. Since invasions coincided with a host switch it was interesting to determine how individuals from colonized areas and hosts differed in their morphology and virulence from those belonging to the East Asian source. We compared worms from several locations in Europe to conspecifics from Taiwan. Worms deriving from European eels were significantly larger and had a higher body mass than those from Japanese eels. The dimensions of the oesophagus and the buccal capsule were significantly different, suggesting divergence of these features between European and Asian population. Further we carried out cross infection experiments to elucidate the degree of divergence in the two nematode populations when harboured in the same host. These experiments suggest a generally decreased virulence of the European population compared to the Asian population as well as differentiation of live history traits. Further studies using new high throughput sequencing technology and multiple cycles of cross infection should reveal whether the these differences are due to modifications or whether they reflect the rapid evolution of A. crassus in its European range.


Ich bin der einzige aus den beiden Gruppen in Edinburgh und Karlsruhe, der die Tagung besucht. Als ich das Abstract geschrieben hab, hatte ich eigentlich das Ziel einen Vortrag zu halten (Vortrag oder Poster wurde von einem Kommittee entschieden), deshalb habe ich den Text sehr in Richtung Ergebnisse ausgelegt, nicht zu sehr auf mein frisch begonnenes Project, von dem ich leider noch keine Ergebnisse zeigen kann...
Nun habe ich einige Problemchen: (a)Die Ergebnisse im "Morphological divergence" Teil wurden in Karlsruhe erzielt bevor ich dort mitgearbeitet habe. Ich bin zwar mit den Daten vertraut, kann das ganze aber unmöglich als meine Arbeit verkaufen. (b)An den Kreuzinfektionen für den Virulenz-Teil arbeite ich mit, sie sind aber Hauptbestandteil einer anderen Dissertation. (c) Mein gerade begonnenes Projekt ist viel spannender! (d) Der Vortrag darf nur zehn Minuten dauern.

Mir muss also irgendwie innerhalb dieser Zeit der Spagat gelingen die im Abstract versprochenen Ergebnisse zu präsentieren, aber auch viel Gewicht auf die Vorstellung meines Dissertations-Projekts zu legen.

Hier ist meine Präsentation:



Problem: Zu viele Folien, da müssen noch 2 Folien raus um in der Zeit bleiben zu können...
Für Vorschläge bin ich dankbar!