A mere heart of silicon

An Darwins 200. Geburtstag vor zwei Tagen fand ich keine Zeit zu bloggen. Hier eine Erklärung dafür.
Der Titel dieses etwas verspäteten Posts, ist eine Anspielung auf das Darwins Zitat "A scientific man ought to have no wishes, no affections, -- a mere heart of stone."Das "silicon" steht für meine kürzlich entdeckte Liebe zur Bioinformatik und statistischen Datenverarbeitung.

Ich fühle mich im Moment etwas wie der Primat in 2001: A Space Odyssey, nur weniger aggressiv.



Es hat schon etwas wenn man die Herstellung von Werkzeug entdeckt, im Gegensatz zu Kubricks Primaten werde ich meine Werkzeuge Perl und R aber eher einsetzen um zu versehen, weniger um Einfluss auf meine Umwelt zu nehmen.
Besonders Perl ist dabei unglaublich nützlich. Ich empfehle jedem, der viele (schwierig das näher zu definieren) Sequenzen in seiner Arbeit anschaut sich damit zu beschäftigen. In der zweiten Wochen kann man bereits scripte schreiben, die einem die Arbeit erleichtern. Perl schreibt zum Beispiel für mich mein Laborbuch. Einfach ELKE.pl (Emanuel's Labwork Kalculating Environment) starten und die Rektionen berechnen, es entsteht Laborbuch-gerechter Output auf der Festplatt und auf Papier (zugegeben das funktioniert nur, da ich sehr repetitive Laborarbeit mache) .

Im Moment fasziniert mich auch die Hochdurchsatz-Transkriptom-Sequenzierung an sich. Aus mehreren Gründen:
Beim Annotieren der Transkripte benutzt man sogenannten Blast-Suchen, die man automatisiert mit selbst geschriebenen Perl-Programmen durchführt und auswertet. Dabei vergleicht man seine unbekannten Sequenzen mit einer Datenbank bekannter Sequenzen. Solange keine Sequenzen des eigenen Untersuchungsobjekts bekannt sind stammen diese hauptsächlich von verwandten Organismen.
Auf diese Art passiert folgendes: In der oft tausende Zeilen umfassenden Ausgabe seiner Programme findet man unzählige Namen von interessanten Tieren und Genen, die man vorher noch nicht kannte.

Dazu kommt dann auch noch das Gefühl, dass man Neuland betritt, dass man etwas sieht, was noch nie zuvor jemand gesehen hat. Das ist faszinierend: Auch wenn es nur Gene aus einem Wurm der in der Schwimmblase des Aals lebt sind.

Eigentlich wollte ich etwas mehr über Statistik und quantitative Methoden schreiben, stattdessen hab ich den bislang wahrscheinlich "wildesten" Post des Blogs verzapft: Von Darwin über Kubrick, Statistik, Programmieren und Blast bis zum Aal, das muss mir erst mal jemand nachmachen.

Synonyme Gen-Namen

Heute hat das Programm TaxMan bei mir für unerwartete Heiterkeit gesorgt (ich könnte mich jetzt noch wegschmeißen vor Lachen). Man kann das Programm dazu nutzen Sequenz-Datensätze von GenBank herunterzuladen. Im Laufe dieses Prozesses lässt man sich zu aus einem von Hand heruntergeladenen Datensatz Synonyme für Gen-Namen ausgeben, die man dann in einer config Datei speichert um eben z.B. nicht nur "SSU rRNA" sondern auch "small subunit ribosomal RNA" und alle möglichen Namenskombis beim später automatisierten Prozess zu erwischen.

Hier die Ausgabe die ich dabei heute Mittag bestaunen durfte:
[...]
The gene name small subinut ribosomal RNA was found 13 times
[...]

Ich schmeiss mich weg: Subinut, SUBINUT, SUBINUT

Find nur ich das so lustig? Setzt mein Hirn grad (wegen Überforderung) aus?
Zu verdanken hab ich das ganze Min Hu , Stefano D'Amelio, Xingquan Zhu, Lia Paggi und Robin Gasser die die 14 Sequenzen 2001 im Rahmen ihres Papers "Mutation scanning for sequence variation in three mitochondrial DNA regions for members of the Contracaecum osculatum (Nematoda: Ascaridoidea) complex." hochgeladen haben.

Sanke dehr!

Hoffentlich sind die Sequenzen selbst akkurater...